但是，这种关系并非一成不变，信任危机在公司的经营管理中经常出现。如果出现信任危机，股东为维护自身利益可以行使撤换董事、监事或者经理的权利，然而董事、监事、经理往往利用其在公司中的特殊地位阻碍股东行使此项权利。较为常见的是，董事、监事、经理把持公司营业执照或公章，以图达到阻止公司申请变更登记，进而继续控制公司的目的。

在这种情况下，登记机关是否应该受理、核准变更申请，具体应当如何操作，实践中存在着不同的观点。比较有代表性的观点认为， 商业犯罪 。本着保护股东利益的原则，登记机关应当受理、核准此类申请。具体说来，有两种不同的操作方式。第一种是公司先依照《公司登记管理条例》第六十四条第二款"营业执照遗失或者毁坏的，公司应当在公司登记机关指定的报刊上声明作废，申请补领"的规定，向登记机关申请补发营业执照，然后再向登记机关申请变更登记。第二种是公司先向登记机关申请办理变更登记，公司登记机关核准后，依照《公司登记管理条例》第六十四条第三款"公司登记机关依法作出变更登记、注销登记、撤销变更登记决定，公司拒不缴回或者无法缴回营业执照的，由公司登记机关公告营业执照作废"的规定，由公司登记机关公告营业执照作废，并核发新的营业执照。

以上两种操作方式虽然保护了股东利益，但是并不符合《公司法》、《公司登记管理条例》的规定。第一种方式，以"营业执照遗失或者毁坏"为由申请补发，显然与实际情况不符。第二种方式，以"拒不缴回营业执照"为由，显然也与事实不符。"拒不缴回"是一种主观故意，在前述情况下，申请人实际上是希望营业执照能够缴回。以"无法缴回"为由也比较牵强。"无法缴回"是一种客观实际，一般是指营业执照本身已灭失或遗失。

笔者认为，登记机关在决定是否受理、核准此类申请时，应该考虑以下几个因素:

1.申请人的资格确认问题。依据《公司登记管理条例》第二十六条和第二十七条的规定，申请变更登记的主体应当是公司。变更法定代表人签字和营业执照副本是确认主体资格的两项重要内容。在出现信任危机的情况下，即使是原法定代表人拒绝签字，也可以由新任法定代表人代表公司签字。

公司变更法定代表人签字一般不成问题。但是，营业执照副本的缺失，会导致登记机关无法全面准确确认申请人的主体资格。

2.申请材料是否齐全。《企业登记程序规定》第九条第二款规定，申请材料齐全是指国家工商总局依照企业登记法律、行政法规和规章公布的要求申请人提交的全部材料。内资登记规范、外资登记规范中明确要求申请人变更法定代表人、董事、监事、经理应当提交企业营业执照副本或其复印件。因此，无法提交营业执照副本或复印件也即意味着申请材料不齐全。

3.申请材料是否符合法定形式。《企业登记程序规定》第九条第三款规定，申请材料符合法定形式是指申请材料符合法定时限、记载事项符合法定要求、文书格式符合规范。内资登记规范等明确要求提交复印件的申请文件应当加盖公司公章。因此，公章的缺失也即意味着申请材料不符合法定形式。

综上所述，单纯从保护股东利益出发，对此类变更申请予以受理、核准不符合立法精神，是重实体、轻程序在公司登记中的具体体现。保护股东利益固然重要，但是依法行政同样不可偏废。

笔者认为，根据有关规定，在出现信任危机的情况下，可以通过以下方式撤换有关人员:公司或股东依据《公司法》第一百五十二条、第一百五十三条的规定，对相关法定代表人、董事、监事、经理向人民法院提起诉讼，要求其返还公司公章及营业执照;待取得营业执照和公章后，再向登记机关申请变更登记。