虽然，本案以方九撤诉结案，但对方九能否行使物上请求权请求排除妨害、赔偿损失，存在分歧。

第一种观点认为，方九与村委会签订的荒地承包合同有效，但是村委会在发包时，沈银父子就占有、使用讼争荒地，村委会将存在权利瑕疵的荒地发包给方九，其负有排除妨害，将讼争土地交付给方九的义务。起诉前，方九并未实际占有讼争的荒地，因此，方九不能行使物上请求权，只能要求村委会履行交付义务。

第二种观点认为，土地承包经营权属于用益物权，权利的取得以有效的承包合同为要件，合同成立即取得物权。方九基于与村委会的承包合同取得讼争荒地的承包经营权，可以行使物上请求权，要求沈银父子退出土地并赔偿损失。

第三种观点认为，方九可以选择物上请求权，要求沈银父子退出土地、赔偿损失，也可以基于合同要求村委会履行交付义务，实现合同目的。

笔者赞同第三种观点。理由是：

承包经营权是承包人因从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产或者其他生产经营项目而承包使用、收益集体所有或国家所有的土地或者森林、山岭、草原、荒地、滩涂、水面的权利，属于用益物权，物权法第一百二十七条规定“ 土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。”这是对土地承包经营权创设取得的规定，指承包人与发包人通过订立承包经营合同而取得承包经营权，分为家庭承包和以招标、拍卖、公开协商等方式进行的承包，后者指不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地的承包，通过上述两种方式承包的，都应当签订承包合同，承包合同自成立之日起生效，承包方于合同生效时取得土地承包经营权。可见，土地承包经营权无需以登记为取得要件。本案，方九与村委会订立承包合同取得讼争荒地的承包经营权，根据物权的排他性，其可以行使物上请求权，请求排除妨害、赔偿损失。

虽然，不动产物权的取得以登记为原则，以不登记为例外，而不以交付为取得要件。但是，土地承包经营权属用益物权，用益物权是不动产物权，占有标的物是其特征之一。用益物权以对标的物的使用、收益为主要内容，并以对物的占有为前提，即必须将标的物的占有（直接占有）移转给用益物权人，由其在实体上支配标的物，否则，用益物权的目的就无法实现。承包人的权利之一就是占有承包的土地以及森林、山岭、草原、荒地、滩涂、水面，与此相对应，交付上述标的物就是发包方的义务。本案，方九作为承包人，有权要求发包人（村委会）履行交付荒地义务。其可以基于承包合同向合同相对方主张权利。村委会作为讼争荒地的所有权人可以要求非法占有人退出土地，向承包人交付。

综上所述，方九可以选择不同的请求权基础实现自己的权利。