1.生物性污染
食品的生物性污染包括微生物、寄生虫、昆虫及病毒的污染微生物污染主要有细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素。出现在食品中的细菌除包括可引起食物中毒、人畜共患传染病等的致病菌外，还包括能引起食品腐败变质并可作食品受到污染标志的非致病菌。寄生虫和虫卵主要是通过病人、病畜的粪便间接通过水体或土壤污染食品或直接污染食品。昆虫污染主要包括粮食中的甲虫、螨类、蛾类以及动物食品和发酵食品中的蝇、蛆等。病毒污染主要包括肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒和口蹄疫病毒，其它病毒不易在食品上繁殖。
2.化学性污染
食品化学性污染涉及范围较广，情况也较复杂。主要包括：①来自生产、生活和环境中的污染物，如农药、兽药、有毒金属、环芳烃化合物、N-亚硝基化合物、杂环胺、二恶英、三氯丙醇等；②食品容器、包装材料、运输工具等接触食品时溶入食品中的有害物质；③滥用食品添加剂；④在食品加工、贮存过程中产生的物质，如酒中有害的醇类、醛类等；⑤掺假、制假过程中加入的物质。
3.物理性污染
主要来源于复杂的多非化学性的杂物，虽然有的污染物可能并不威胁消费者的健康，但是严重影响了食品应有的感官性状和／或营养价值，食品质量得不到保证，主要有：①来自食品产、储、运、销的污染物，如粮食收割时混入的草籽、液体食品容器池中的杂物、食品运销过程中的灰尘及苍蝇等；②食品的掺假使假，如粮食中掺入的沙石、肉中注入的水、奶粉中掺入量的糖等；③食品的放射性污染，主要来自放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染。