第一，国家股东存在着较严重的代理问题，所有者权能严重弱化。作为国有资产代理人的国家股股东（包括省政府、行业主管部门、国资局、财政局、国有资产管理公司、集团公司等）要监控其下级代理人，但由于国家股股东与其下级代理人之间的信息不对称、激励制度的无效性等原因，国家股东在公司治理中处于不利地位，无法体现其所有者的权利，形成了国家股股东权力缺位的问题。

第二，法人股东结构不均衡。一是关联法人是法人股东的主体；二是投资公司是第二大法人股东，使得相当数量的法人股份具有非银行金融的性质；三是诸如共同基金等机构投资者的力量微乎其微。目前，法人股东的国有成分仍占优势地位，但相对于国家股东其代理问题较弱。

第三，流通股股东对参与公司治理的兴趣不大。一是主观上绝大部分的流通股股东只对短期利得（即买卖差价）感兴趣；二是客观上的限制，流通股股东（大多为散户投资者）的经济实力相对较弱，现行法规也限制了个人股东的持股比例，使得他们一般都拥有企业较小的股权份额和极度的分散性特征，由于监控的成本与效益不匹配的原因，在他们之间存在着严重的“搭便车”现象，因此他们在公司治理中的作用极小。

第四，内部职工股东也不关心公司治理。一二级市场的巨大溢价差额使得职工股东对公司治理的兴趣也不大。另外，我国的内部职工持股制度作为一项福利措施可能并没有对职工起到想象的激励效果，这表现在：一是数额较小；二是只要具有公司正式的员工资格就可以取得股份。

由于我国上市公司股本结构中绝大多数股份处于不流通状态且多种股权形式并存及实力分布极不平衡的产权结构，导致上市公司在公司治理结构方面存在以下主要缺陷：首先，国有股权所有者的监督职能处于弱化状态，政府为减少代理成本对企业采取一些相应的行政干预，形成了我国上市公司的政府干预下的股东主权治理模式，结果使我国公司治理过程存在仍留有行政干预的痕迹，政企尚未彻底分离，政府行为的引入公司导致内部监控失去平衡，国有产权虚置导致内部人控制。其次，无法建立有效的企业家激励机制。在成熟市场经济条件下，股东对管理者的监督与制约是通过有效率的公司价值评定、公司控制权转移以及其他一些制度安排（如股票期权等）来加以实现的。规范的股份制度与股票市场可以通过一系列市场手段，如公司控制权之争、故意接管、融资安排等来变动公司的股权结构,特别是转移公司的控制权，以新的管理者组织制度达到以强制性约束公司管理者的治理失误，迫使管理者努力工作的目的。但在我国目前的股票市场运行机制下，国家股、法人股占上市公司总股本比重较大且不能上市流通，因而占总股本比重较小的流通股在股票二级市场上的买卖不能或基本上不能发生公司控制权的转移。