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商标纠纷的抗辩事由，一般分为两类，即诉讼程序理由抗辩和诉讼实体理由抗辩。诉讼程序理由抗辩，一般为诉讼主体资格抗辩、诉讼管辖抗辩和诉讼时效抗辩。诉讼实体理由抗辩一般为商标权无效抗辩和未侵权抗辩。
一、诉讼主体资格抗辩

笔者在本章第二节，对商标诉讼当事人的诉讼地位、即原告、被告、共同诉讼人和第三人的法定资格作了阐述，不再重复。诉讼主体资格抗辩，即商标纠纷诉讼的当事人一方，就其对方是否具备原告、被告、共同诉讼人及第三人的资格提出抗辩理由，从诉讼程序入手，争取诉讼中的主动权。
二、案件管辖抗辩

笔者在本章第一节，阐述了民事案件管辖、商标纠纷的民事案件管辖和商标纠纷的行政案件管辖，不再重复。案件管辖抗辩，即商标纠纷的当事人一方，对案件受理的级别管辖、地域管辖提出抗辩理由。
三、诉讼时效抗辩

《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十八条规定：“侵犯注册商标专用权的诉讼时效为二年，自商标注册人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。商标注册人或者利害关系人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。”

《商标法》第四十一条第二款、第三款规定：“已经注册的商标，违反本法第十三条、第十五条、第十六条、第三十一条规定的，自商标注册之日起五年内，商标所有人或者利害关系人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。

除前两款规定的情形外，对已经注册的商标有争议的，可以自该商标经核准注册之日起五年内，向商标评审委员会申请裁定。”

《商标法》第三十条规定：“对初步审定的商标，自公告之日起三个月内，任何人均可以提出异议，公告期满无异议的，予以核准注册，发给商标注册证，并予公告。”

根据以上规定，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为二年，注册商标争议的期限为五年，商标异议的期限为三个月。

诉讼时效抗辩，即商标纠纷诉讼的当事人一方，就其诉讼案件是否超过诉讼时效，是否超过注册商标争议期限和商标异议期限，提出抗辩理由。因为超过诉讼时效的，即便是发生了商标侵权行为，法律也不再追究。
四、商标权无效抗辩

我国《商标法》第五章规定的是“对注册商标争议的裁定”。按照第五章规定，商标即使被核准注册，也允许其他社会公众对其注册的效力提出异议。从《商标法》第四十一条的规定看，各种情形的争议都是需要先向商标评审委员会提出申请，期限是自商标注册之日起五年内。对恶意注册的，驰名商标人不受五年的时间限制。对质疑商标注册的效力问题，法律规定的理由有：
(1)不得作为商标使用的标志而注册的——违反《商标法》第十条；
(2)不得作为商标注册的标志而注册的——违反《商标法》第十一条；
(3)三维标志中不得注册商标的情形——违反《商标法》第十二条；
(4)以欺骗手段或其他不正当手段获得注册的；
(5)侵犯他人在中国注册或未注册驰名商标的情形——违反《商标法》第十三条；

(6)代理人或代表人以自己的名义将被代理人或被代表人的商标注册的——违反《商标法》第十六条，善意注册的除外；
(7)损害他人在先权利以及抢注行为——违反《商标法》第三十一条；
(8)其他有争议的情况。

对于违反《商标法》第十、十一、十二条规定及以欺骗手段或其他不正当手段获得注册的情况，同对待恶意注册驰名商标一样对待，没有时间的限制，可以随时撤销该注册商标。

根据《商标法》第四十一条的规定，在法定的期限内，他人可以对违反法律规定的注册商标提出撤销申请。同样，在商标侵权诉讼中，被控侵权人有权对他人的商标权提出无效抗辩，不仅包括对注册取得商标权的商标注册无效提出抗辩，而且还可以对注册或未注册的商标是否享有驰名商标权进行抗辩。抗辩成功，商标注册被撤销或驰名商标不成立，则侵权行为不成立。抗辩不成功，注册商标的商标权及驰名商标的权利将继续有效，商标侵权自然成立。
五、商标使用不构成侵犯他人注册商标专用权抗辩

笔者在本书第七章“商标的保护”的第一节、第二节中，阐述了注册商标专用权的范围及其依据、注册商标专用权的保护范围及其依据、注册商标专用权的限制以及侵犯注册商标专用权的九种行为，不再重复。商标使用不构成侵犯他人注册商标专用权的抗辩，即商标纠纷诉讼的当事人一方，对其商标使用的合理性进行申辩，对不构成侵犯他人注册商标专用权进行抗辩。郭修申