在我国立法主体多元化的情况下，行政诉讼中出现法律适用冲突是不可避免的，从现有的考察情况看，我国当前律规范相冲突的种类很复杂，表现为层次越低，冲突现象越多。

　　层级冲突是指各种法律效力等级不同的法律文件就同一事项的规定不相一致而产生的法律适用上的冲突，又称为法律规范的纵向冲突。主要表现为:法律与宪法的适用冲突 ;行政法规与法律的适用冲突;地方性法规与法律、行政法规适用冲突;部委规章与法律、行政法规的适用冲突等。如《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施细则》规定:“由国务院卫生行政部门负责解释”。

　　1989年交通部和卫生部503号文件《关于贯彻落实的通知》规定:部属单位远洋船员可持有卫生检验所、县以上医院或海员医院、远洋医院、综合门诊部及海港医院进行体检后签发的健康证明书进出口岸。然而1991年卫生部2号文《关于对<国境卫生检验法实施细则)的有关条款的解释》则改变了这一规定：对远洋船员中的食品、饮用水从业人员，规定必须持有卫生检疫机关签发的健康证明书，其他机关签发的无效。这是由法律授权行政主管机关对法律规范进行解释，而解释的行政文件却派生出歧义的例子。