别清算在日本、我国台湾及其他一些大陆法系国家均有规定，相较普通清算而言，其主要有以下几方面特别之处：
(一)发生原因不同
普通清算发生的原因就是公司解散。资合公司非因合并、重整等原因解散时，即自动进入普通清算程序，由股东组成清算组， 自行开始清算。而特别清算的开始则需要特别原因。按照日本国及我国台湾地区公司法的规定，特别清算须在普通清算实行发生显著障碍或公司负债超过资产有不实之嫌疑时方可为之)。“所谓发生显著障碍，是指清算之实行，遇有法律或事实之障碍，无法依清理方针，顺利完成清算而言。公司负债超过资产之嫌，不仅限于负债超过资产有不实之嫌，亦可类推适用于资产超过负债之嫌。”只有满足了以上这两个实质条件，方才可以开始特别清算。可见，相比普通清算，特别清算的起始条件更为严格些。
(二)清算中公司的机关不同
在普通清算中，公司的机关是清算人、监理人、股东；而在特别清算中，公司的机关则是清算人、监理人、债权人会议。所谓债权人会议，即是指特别清算中，有公司债权人组成的临时集会，决定意思之最高机关。在公司进行特别清算时，由于其特殊之现实状况，使得债权人权益的维护面临了较大风险，允许其参与清算，一方面保护了其自身的权利，另一方面也起到了对清算人进行监督的作用。故而，特别清算将债权人会议作为了一个必不可少的机构。特别清算之所以特别，其核心便也在于此处。至于债权人会议的成员组成、召集方法、表决办法，各国立法基本都仿照各自破产法的相关规定。鉴于篇幅所限，此处就不再赘叙了。
(三)保护利益不同
在普通清算中，法律兼顾保护债权人利益与股东利益，在其二者之间并无偏颇。但是在特别清算中，法院则更加注重保护债权人的利益。相对于股东，债权人对公司资产享有优先受偿之权利。在公司资产清偿债权人还有剩余的情况下，法律既要保护债权人的优先受偿权，也要同时兼顾股东的剩余财产分派权。但是，如果公司的财产是否超过负债已有不实之嫌，那么，法律则应更为侧重保护债权人利益，以维护市场经济信用体制的建立与完善。
(四)法院及债权人监督的力度不同
在普通清算中，法院与债权人并不直接干预清算的进行，法院仅做消极之监督。但在特别清算中，不但设立债权人会议对清算进行积极监督，而且法院也将一改其消极姿态，运用其公信力及中立裁量权对清算进行积极监督。法院的监督主要体现在其对清算人的选任、解任，对清算行为与公司财务的检查等方面。如《日本公司法规范》第452条规定“根据公司的财产状况认为必要时，法院可因清算人、监察人、监理人、从六个月以前继续持有已发行股份总数的百分之三以上股份的股东、或有已申报的债权人相当于公司已经知道的债权人的总债权额的百分之十以上的债权人的申请，或依职权，可以命令检查公司的业务和财产。”可见，在特别清算中，法院对公司清算的监督力度要比普通清算强得多。
(五)终结清算的方式不同
在特别清算中，除了与普通清算相同的终结方式外，还可以以“协定”方式清结清算程序。所谓协定终结，即是指公司与债权人团体之间，以协定的方式，对债务清偿作出安排，经法院认可发生效力后终结清算的一种方式。这很类似于破产程序中的和解制度。之所以设立此种制度，是因为特别清算往往是在公司资产并不十分充分的前提下进行的，债权人很难有望获得完满的清偿，为了避免繁锁复杂的破产程序的进行，债权人互相让步，用协调方式终结清算程序便显得非常必要。
我国特别清算制度
严格来说，我国实践中并不存在日本法上的特别清算制度，但我国公司法及某些单项法规中规定了某些类似于特别清算的法律制度。主要体现在：第一、我国<公司法》第192条规定： “公司违反法律、行政法规被依法责令关闭的，应当解散，由有关主管机关组织股东、有关机关及有关专业人员组成清算组，进行清算。”由于其有行政主管机关组织进行清算，而非由股东自行组织清算，因此，有学者称其为行政特别清算；第二、我国<外商投资企业清算办法》中，在其第三章中用9个条文创设了外商企业的特别清算制度，从而填补了我国公司法中特别清算的空白。我国法上的特别清算制度还存在着相当大的问题，需要在以下方面予以完善：
(一)对特别清算统一规定
从严格意义上说，我国忪司法>上尚没有特别清算的规定，第l92条的规定实不足以创设我国的特别清算制度， 《外商投资企业法>上虽有特别清算的规定，但是其毕竟只是一部特别法，不能适用于所有公司。清算制度，是企业生命走向消亡的最后一段，它关乎众多利益相关人的切身权益，使其制度化、效率化是建立现代化公司制度必不可少的环节之一。按照制度经济学的观点，除非有特别的理由，否则法律应对同一问题采取相同的规制方式。现有的对外资公司与对中资公司清算问题的区别对待理由并不充分。故而，在未来的公司法修改中，应在借鉴日本及我国台湾立法经验的同时，整合特别清算制度，将其统一规定于<公司法》中。
(二)行政机关代位司法机关组织特别清算
无论是<公司法》，还是 商投资企业法》都规定企业的主管机关来组织企业的特别清算。根据<公司法》第192条的规定： “公司违反法律、行政法规被依法责令关闭的，应当解散，由主管机关组织股东、有关机关及有关专业人员组成清算组进行清算。”但是，对于公司的有关主管机关指的是什么机关?它所组织的“有关机关”指的是哪些机关?公司法并没有给出明确的回答。这也就造成了学说上众说纷纭，实践中无法操作的局面。按照学者们的解释，这里的主管机关应指“依法有权责令公司关闭的机关”，但是，在我国有权责令企业关闭的机关为数不少，是他们中的所有机关都可以参与进行清算呢?还是只有其中一部分可以参与呢?如果答案是前者，如此众多的主管机关都参与公司的清算，必然会造成实践中的混乱局面。如果是后者，对于哪些主管机关有权参加清算法律并无明确规定，这势必会造成行政机关之间的相互推委或相互争抢。这种法律上的漏洞不仅给债权人的利益带来了极大的危害，也为一些不法之徒利用吊销营业执照达到逃避清偿债务的目的创造了机会。 退一步而言，即使明确地确定了某一行政机关具有负责清算的职责，将企业的清算问题交给行政机关处理不甚妥当。行政权力的特性在于它的灵活性、随机性与应变性，它并不能处理对社会及相关利益^影响甚巨的清算制度。企业的存亡关乎社会之动荡，债权人利益保护的优劣关乎市场经济信用体制的建立，这样—个关乎国计民生的重大问题必需要由法律建立一个统一的、确定的、操作性强的制度规范，由—个职权规范、没有私利、中立不倚的机关统一掌握，那么，在我国，最合适的机关无疑是司法机关。
完善特别清算的实质条件
还是外商投资企业清算办法>均规定：公司违反法律、或违反行政法规被吊销营业执照或被责令关闭，应由主管机关组织开始特别清算 。考察此点，立法者的意图可能是考虑到公司被行政强制解散后，股东很难能够自愿组成清算组，进行清算，故而将其作为开始特别清算的理由之一。但是，按照传统特别清算的原理，特别清算之前必需要有普通清算这一前置程序，即只有在普通清算中遭遇困难时才有开始特别清算程序的必要。<公司法>第192条及<外商投资企业清算办法>第35条的规定，会给当事人造成一定困惑，即在公司被责令关闭或被行政吊销营业执照之时，是可直接开始特别清算，还是仍然要先进行普通清算，在普通清算遇到困难时再开始特别清算。按照立法者的意图，似乎可以得出前者的结论，但考察世界上他国立法，却并无这样规定的先例。
行政机关责令企业关闭只是企业解散的一种方式，至于解散之后进入怎样的清算程序与导致解散的原因并没有必然的联系，而主要取决于公司当时的资产状况及公司普通清算进展的顺利程度。如果行政机关将公司强制解散后，公司的资产充分且普通清算进行顺畅，则法律即无强令公司开始特别清算的必要；只有在公司资产出现问题或普通清算进行有障碍时，有超过债务不实之嫌，法院才有必要根据债权人、股东、清算人的申请，或者依其职权，判令开始特别清算。故而，实没有必要将行政判令解散作为特别清算开始的实质条件之一。
