与普通清算相比，特别清算主要具有如下优势：在普通清算中，清算都是由股东自行进行的，债权人并不介入，法院也只起到消极监督的作用。这种清算形式往往依赖于股东自身的善意及公司自有资产的充沛。若股东在清算中违反其诚信义务，故意阻碍清算的进行，侵害债权人的利益，或公司资产并不十分充分，有难以完全清偿债务之嫌，普通清算就很难发挥其作用，达到保护相关利益人的立法宗旨。特别清算制度的确立即解决了上述问题。一方面，各国特别清算制度普遍设立有债权人会议及监理人，相关利益人可以通过召集会议的形式，形成其整体意志，监控清算的进行；另一方面，法院也会凭借其较强的中立地位和公信力，积极介入清算之中，监控整个清算行为的进程，防止清算人的行为侵害公司或其他相关利益人的利益。
与破产清算相比，特别清算的优势主要体现在其在保障债权人公平受偿的同时，也兼顾了效率的实现。破产制度虽可以保障债权人公平受偿的权利，但当事人往往需要花费巨大的精力、时间与费用。这种成本在当事人自愿或财产已经显著匮乏的情况下是合理的，因为这是追求公平受偿所付出的必要代价。但是，如果公司的债权人并不多，利害关系人很容易达成某种协议，进入破产程序可就并不是当事人的最佳选择。考虑到破产程序会耗费巨大的时间、精力与费用，当事人可能会选择以比较简便、快速的特别清算方式解决企业的清算问题。这时，如果法律强行规定，只要资不抵债便要进行破产清算，那么，无异于是对当事人意思自治的一种强奸。
社会生活是纷繁复杂的，当事人在社会生活中的需求也是千姿百态，不一而足的，法律的弹性与先进性便体现在其能够最大限度的预计到当事人可能的需要．并在不违反法律基本原则的基础上为这种需要创设制度规范，预留适用空间。整齐划一的制度安排固然简便易行，但其偏离了现实生活的多样性，其最终必会导致法律对现实的背叛，带来生活与法律之间的紧张关系。特别清算制度周密地考虑到了复杂的社会经济状态，满足了不同当事人对制度的多样性需求，具有其不可替代的独特制度价值。有鉴于此，笔者认为，在我国公司法修改中，应引入特别清算制度，以完备我国公司清算种类，建立规范化、制度化的公司退出机制，适应社会主义市场经济发展的时代需求。
