在不同的行法律法规中，对行政诉讼时效的规定各有不同。
《中华人民共和国行政诉讼法》第三十九条规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起三个月内提出。法律另有规定的除外。 这是行政诉讼时效的一般规定。
《食品卫生法》第五十条：“……当事人也可以在接到处罚通知之日起十五日内直接向人民法院起诉”。
《海关法》第五十三条：“……当事人也可以自收到处罚通知书之日或者自海关的处罚决定公告之日起三十日内，直接向人民法院起诉”。
由此产生以下几个问题：
1、《行政诉讼法》第三十九条规定的“法律另有规定的除外”中的“法律”是特指全国人民代表大会或常委会制定的法律，还是包括其它行政法规、地方性法规甚至规章?按照法学理论推理，此处“法律”应当是特指全国人民代表大会或常委会制定的法律，因为即使其它法规、规章的有关规定与上位法《行政诉讼法》产生了冲突，根据“上位法优于下位法”原则，还是应当适用《行政诉讼法》。因此，根据上述推理，此处“法律”如果包括其它法规、规章是没有意义的。
2、还有一个效力层次问题。举例说明，《行政诉讼法》是于1990年10月1日起施行，《海关法》是于1987年7月1日起施行。两法产生了冲突，如果仅按照“法律另有规定的除外”的字面意思来理解，应当适用《海关法》;而如果考虑“后法优于前法”原则，则应当适用《行政诉讼法》。
根据立法者的本意，应当是法律另有规定，则直接适用其他法律。问题是如果其他法律制定年代久远，远远落后于当前中国经济发展，还是坚持适用该法律的话，也不见合理。
