医疗合同和其他合同类型相比较，在给付内容及给付对象上有其特质。在给付内容上的特质是作为给付内容的诊疗行为具有侵袭、救命和专门的性质。在给付对象上的特质是，诊疗行为与身体的直接关联性、及因存在不可能支配的客观要因而欠缺对医疗结果的保证。
由此两个特质导出了医疗合同的特殊性，具体表现为：
1、医疗合同对缔约主体资格的限制性
市场经济下，合同主体的资格较宽松，政府基本上不作任何限制。但是由于医疗行为需要特别知识的性质，使其具有严格的排他性。这种限制性表现在医师名称使用及医师业务执行两个方面。医师名称使用指未领有医师证书或专科医师证书者，不得使用医师或专科医师名称;医师业务执行指不具合法医师资格者，被禁止擅行医师业务。因为医疗关乎患者的身体健康及生命安危，不具备专门医学知识不得为之，故以证照制度排除未受足够教育、训练者行医。
2、公法上的规定对医疗合同的意思自治形成一定的限制
意思自治是民法的基本原则，双方当事人在订立合同时有选择对方当事人、决定合同内容、修改变更合同等项权利，不受公法干涉。医疗合同作为私法上的合同，其当事人应享有这些意思自由。但由于医疗行为的道德性，使当事人尤其是医方的意思自治受到公法的约束。日本医事法规定，对于患者请求诊疗的要约，医师无正当理由不得拒绝，即使患者要求诊疗的疾病不属于该医师的专业领域，也不能拒绝。公法上“强制缔约义务”的规定是立足于医师负有治病救人的社会职责，为了充分保护患者的生命健康权。此外，在决定和变更合同内容上也对医方作出了限制。
3、医疗合同在合法性的同时兼具道德性
医疗具有救死扶伤、治病救人的特性，医师的医疗行为必须受到医疗道德或医学伦理的规范。《希波克拉底誓言》：“余必依余之能力与判断，以救助病人，永不存损害妄为之念”是每个医学院学生毕业时必须宣读的誓言。随着医学的发展，医学界对于医疗行为的规范有所充实与改进。世界医学会1948年通过的《日内瓦宣言》，要求医师“吾必本良心与尊严而行医”，“吾最关心者，为病人之健康”。1964年的《赫尔辛基宣言》亦将“保卫人民之健康”作为医师的使命。
医疗道德规范作为行为者的自我约束机制和社会的评价体系，已大量上升为法律，医师的道德规范成为医师所负的义务，如诊疗义务、转诊义务、说明义务等。此外，新医学技术与观念的引入，在医学伦理领域中反映出新的问题。如优生保健、试管婴儿、脑死亡、安乐死、器官移植、艾滋病等，引起社会大众和立法者的严重关注和思考。
4、诊疗债务的专门性和当事人双方的不对等
作为医疗合同给付内容的诊疗行为，要求高度专门性的知识和技术，这一特点决定了医疗合同的双方当事人在能力上的不对等。一方当事人是医学上的专家，而另一方当事人则通常是缺乏医学知识的普通人，这就意味着作为合同当事人的患者，因不了解医师所应该履行的诊疗本身，而不能约定诊疗的具体内容，只能期待医师出于良心和道德实施医学上认为是适当的诊疗。
5、诊疗债务的抽象性和手段性
医师所负的合同上的债务是诊疗本身，诊疗债务的抽象性表现为“进行医学上认为是适当的诊疗”。要评价诊疗是否适当，不能仅仅考虑各个诊疗行为本身，而必须是对诊疗全过程进行考察和评价。而由于人体组织机能的复杂性及患者行为的不可预测性所导致的诊疗行为的不确定性，使得在诊疗全过程中所进行的各个具体的诊疗行为，都不是一开始就能具体地预定了的，医师只能根据某个时点、某个患者的实际情况，选择、实施适当的诊疗行为。
诊疗债务的手段性，指不论是诊疗的全过程，还是各个具体的诊疗行为，一般都不是达成特定结果的“结果债务”，而只能是作为治疗疾病的手段。这一方面是因为诊疗行为具有不确定性;另一方面也是因为现代医学还不能征服所有的疾病。
6、当事人之间有协力关系
任何合同的履行都需要双方当事人的互相合作，但在医疗合同中双方当事人的协力关系尤为重要。因为，诊疗是对作为合同当事人的患者自身进行的，为了进行适当的诊疗，需要患者的协助，如要求患者在医师问诊时正确详细地回答问题，患者在用药和保养方面遵从医嘱等。
7、医师对患者自己决定权的尊重
虽然医疗行为具有高度专门性的特点，医师在履约中具有高度裁量权，他们通常不需要按照患者的要求和指示来履行义务。但由于诊疗是以患者自身不可替代的生命、身体为对象进行的，而且通常会对患者身体产生侵袭和痛苦，而双方又无法对医疗结果进行约定。于是随着社会文化、文明程度的提高和医学知识的普及，越来越多的病人要求参与医疗，尊重病人的自主权已成为医学道德的重要原则，成为构建现代医患关系的基础。病人不仅对自己疾病的病因，诊断方法、治疗原则以及可能的预后向诊疗医师要求“知情的权利”，而且对于医师治疗上的决定，也要行使同意或否决的“权利”，而医师有义务尊重患者的自主权。
