一人公司可以成为单位犯罪主体，但并非所有的以一人公司名义实施的犯罪都是单位犯罪，在特定情形下，可以否认一人公司的单位犯罪主体资格，这就是刑法上的人格否认。它是以公司法上的人格否认为基础，但又不完全等同于公司法上的人格否认。
对于合法、有效成立的一人公司，在公司法上被否定人格后是否还构成刑法上的单位犯罪主体，需要作具体分析。如果法律要求一人公司的股东对外承担连带责任，就意味着否定了公司人格。有学者认为，这样的私营公司已经形成了公司即股东、股东即公司的现象，所以，在它们构成犯罪时，应该揭开公司面纱，认定为自然人犯罪。这种观点其实是将公司法上的揭开公司面纱理论与刑法上的单位犯罪理论混为一谈。公司人格否定并没有全盘否定一人公司在法律上的独立存在，而是在承认公司具有法人人格的前提下，仅就单一股东滥用公司人格的某一特定事项否定其法人人格，暂时排除有限责任赐予股东的保障机制，要求单一股东连同公司在公司法上对外承担无限连带责任。所以
（1）只要一人公司在人格被否定后没有被解散、撤销，其法人资格尚存，并且一人公司并非由于该犯罪行为而被揭穿面纱，完全可以构成刑法上的单位主体，例如一人公司股东滥用法人独立地位和股东有限责任逃避债务而被法院判决负无限连带责任，从而构成公司法上的人格否认，但公司依然存在，这时如果公司实施了偷税行为，构成犯罪，就仍然是单位犯罪主体，而不能以股东自然人犯罪论处；
（2）如果一人公司因为实行特定犯罪行为而被否定法人人格，那么对该公司股东只能以自然人犯罪追究相关的刑事责任，例如一人公司股东在公司成立后抽逃出资以逃避债务损害债权人利益，数额巨大，其不仅在公司法上被否定法人人格，在刑法上也将以自然人犯罪受到惩处。
在公司法上没有被否认法人人格，但其法人人格在刑法上也有可能被否定。虽然一人公司在形式上符合标准，有效成立，并且也不存在恶意利用有限责任逃避债务等需要承担民事责任而被否认人格的情形，但却不符合刑法及相关司法解释规定，不能认定为单位犯罪主体。对于那些以一人公司名义有组织、有目的、长期从事故意犯罪的团体?只能将之认定为组织严密的自然人犯罪。所以，根据最高人民法院《关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》的规定，一人公司成立后以实施犯罪活动为“主要业务”，例如为贩毒、黑社会组织、恐怖组织洗钱，不能认定为单位犯罪。如果某一人公司以犯罪为目的而成立或从设立起主要从事犯罪活动，那么，刑法必须否定该一人公司构成单位犯罪主体的资格，直接追究暗藏其后的自然人的刑事责任。但此时该一人公司在商法上并没有被否认法人人格——单位犯罪主体资格的存废并不影响公司人格。如果一人公司在犯罪行为之外仍然有其他法律行为，其效果仍然归属于公司而非个人。
