长期以来，我国企业所得税为中央与地方财政分享的税种，即共享税。法人所得税制带来的突出问题在于：对于属于中央与地方共享税的企业所得税，如果非法人的分支机构将全部税款缴到总公司所在地入库，将不可避免地区间的利益转移，同时由于分支机构分享了地方提供的公共产品和公共服务，如果没有税收贡献，制约了地方经济建设及全国经济均衡高效的运行。为妥善处理好地区间利益分配关系，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百二十五条做出相关规定：“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额，具体办法由国务院财政、税务主管部门另行制定。”随后国务院批准出台《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号）文件，总局在此基础上又制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件，这两个文件分别从财政预算及税收征管的不同方面加以规定，旨在合理利用税收手段妥善处理地区间利益分配关系，有效解决法人所得税制度下税源跨地区转移的问题。随后又出台的一些配套政策，特别是《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）文件，对具体的政策执行有非常强的指导作用。

跨地区汇总纳税“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理原则，由总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。

上述政策，在汇总纳税企业年度汇算清缴申报时与一般企业的区别主要体现在以下几点：

一、汇总纳税企业纳税申报数据为法人企业核算的全部数据

企业下设分支机构会根据自身情况确定独立核算还是由总机构统一核算即非独立核算的方式。无论会计采用何种方式，总机构在申报企业所得税时作为一个法人企业，预缴及汇算清缴的各项申报数据是法人企业整体核算的结果，各分支机构都不需要单独核算利润、计算应纳税所得额。

1、收入的确认

一般情况下，企业将所属独立核算的分支机构核算的收入汇总到总部统一申报；非独立核算分支机构的收入确认与一般企业一样不需要总机构单独处理。因此汇总纳税企业应注意将总机构及各分支机构取得的各项收入一并计入应纳税所得额。

例1：A企业为2003年在北京成立的一家高新技术企业企业，并分别在2004-2006年下设三家独立核算的分支机构：上海分公司-A1、深圳分公司-A2、西宁分公司-A3.2009年A企业总部销售收入1500万元、分支机构A1销售收入450万元、分支机构A2销售收入360万元、分支机构A3销售收入130万元，A企业2009年销售收入2440万元（1500+450+360+130）。如果A企业下设的三家分支机构A1、A2、A3不独立核算，其销售收入由总公司统一核算。

2、扣除项目的确认

汇总纳税企业税前项目的处理原则与收入确认一致，各项税前扣除数据不需要考虑各分支机构的情况由法人企业统一核算。如工资、职工福利费等三项经费、业务招待费、业务宣传费、广告费、利息支出等都是法人企业全部数据，税前扣除的各项指标统一计算扣除，不对分支机构单独计算税前扣除限额。

例2：如果例1中A企业总部及三家分支机构2009年度发生的业务招待费、广告费如表1所示

A企业2009年纳税申报时：一是发生业务招待费110万元，税前扣除限额由2440×5‰=12.2（万元）与110×60%=66（万元）比较后孰小的原则为12.2万元，纳税调增额=110-12.5=97.5（万元）；二是发生广告费305万元，税前扣除限额为2440×15%=122（万元），纳税调增额=305-122=183（万元）。

上述申报体现了法人税的实质，各分支机构不单独计算应纳税所得额，各类涉税事项由总机构统一计算。实践中，新税法执行后，税务机关不需要再对符合28号文件规定条件的分支机构进行单独的企业所得税检查。

二、汇总纳税企业总机构和分支机构处于不同税率地区减免税款的计算相对复杂

2008年1月1日法人税制的实施，享受减免税的主体为法人企业，不会对某一独立核算的分支机构单独减免税。因此新税法实施后，汇总纳税企业与一般企业享受减免税的资格及审批方式一致，区别在于总机构对企业审批的各项减免适用于法人企业及所属各分支机构，各分支机构不再单独申请减免税优惠。如果例1中A企业取得了高新技术企业证书，申请2009年度享受高新技术减免税及技术开发费加计扣除的优惠政策，由总机构主管税务机关依据税法审批、备案后A企业总机构及3家分支机构2009年度纳税申报时一并享受，不需要其分支机构再向所在地单独主管税务机关单独申请。

目前，汇总纳税企业总机构和分支机构处于不同税率地区计算减免税的政策规定出处是由于旧税法的企业所得税纳税主体为独立核算的纳税人，独立核算的分支机构如果符合条件可以按独立纳税人享受减免税优惠，导致总机构和分支机构税率不一致。因此财政部、国家税务总局《关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》财税 [2009]69号文件明确：“企业在2007年3月16日之前设立的分支机构单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的，凡符合《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）所列政策条件的，该分支机构可以单独享受国发[2007]39号规定的企业所得税过渡优惠政策。”《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》国税函[2009]221号文件进一步明确：“除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部 国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部 国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。”

（一）总、分支机构处于不同税率地区如何计算减免税的两项具体政策：

1、《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件规定：“总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。”

2、《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）文件进一步明确：“预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，税收种类。然后按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。”

（二）总、分支机构处于不同税率地区的案例分析

汇总纳税企业总、分支机构处于不同税率地区的汇算清缴申报需要分步计算减免税额：

一是在总机构统一计算应纳税所得额的基础上，按国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重计算划分不同税率地区分支机构的应纳税所得额；

二是再按各分支机构自身的税率计算各自应纳所得税额；

三是将各分支机构应纳所得税额汇总后计算企业的减免税额。

例3：如果例1中A企业2009年度应纳税所得额1000万元，由于其没有取得高新技术企业证书，所以没有申请享受新税法规定的高新技术企业减免税优惠。2009年度该企业深圳分公司继续享受新税法公布前的过渡期优惠政策、西宁分公司继续执行西部大开发的税收优惠，因此2009年度纳税申报需要对其总、分支机构处于不同税率地区的情况继续纳税处理。

A企业2009年度各相关指标如表2所示：

2009年汇算清缴时，一是分步计算减免税额：

1、计算不同税率地区各分支机构的应纳税所得额

总机构应纳税所得额=1000×50%=500（万元）

25%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×450/2440+0.35×30/155+0.3×800/3500）=100.4（万元）

20%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×360/2440+0.35×20/155+0.3×500/3500）=69.85（万元）

15%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×130/2440+0.35×5/155+0.3×200/3500）=23.5（万元）

2、计算不同税率地区各分支机构的应纳所得税额

25%地区的应纳所得税额=100.4×25%=25.1（万元）

20%地区的应纳所得税额=69.85×20%=13.97（万元）

15%地区的应纳所得税额=23.5×15%=3.525（万元）

3、计算A企业2009年度减免税额

A企业减免税额=1000×25%-（1000×50%×25%+25.1+13.97+3.525）

=250-167.595=82.405（万元）

二是A企业纳税申报表主表填报：

第25行“应纳税所得额”：1000万元

第26行“税率（25%）”：25%

第27行“应纳所得税额”：250万元

第28行“减免所得税额”：82.405万元

第30行“应纳税额”：167.595万元

第33行“实际应纳所得税额”：167.595万元

（三）如何处理汇总纳税企业过渡期优惠政策与新税法优惠政策同时存在的情况

《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）文件规定：企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。《财政部 国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税 [2009]69号）文件进一步明确：国发[2007]39号文件所称不得叠加享受，且一经选择，不得改变的税收优惠情形，限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。

汇总纳税企业适用上述政策存在两种情况：一是如果企业整体享受过渡期优惠政策，又同时可以享受新税法规定的定期减免税或减低税率类的税收优惠；二是由于分支机构享受过渡期优惠政策致使总、分支机构存在不同税率，该企业又可以同时享受新税法规定的定期减免税或减低税率类的税收优惠。这两种情况都需要纳税人进行选择，或是适用过渡期优惠或是适用新税法的优惠，二者不能同时享受。

以案例中的A企业为例，A企业已取得高新技术企业证书，可以享受15%的高新技术企业减免税优惠；同时其深圳A2分公司继续享受新税法公布前的过渡期优惠政策、西宁A3分公司继续执行西部大开发的税收优惠，导致A企业的总、分支机构处于不同税率地区。因此，A企业可以从下例方式种选择一种享受税收优惠政策：一是2009年度享受高新技术减免税，总分机构统一适用15%的税率；二是参考例3并依据总分支机构处于不同税率地区的税收政策，逐步计算出A企业的减免税款。两种方法不能同时采用。

三、汇总纳税企业纳税申报的其他重要事项处理

1、关于分支机构以前年度亏损的处理

《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件规定：“总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。”解决了原独立核算分支机构的以前年度亏损额在新税法下如何处理的问题，其实质是2008年1月1日后分支机构以前年度的亏损额由法人企业一并弥补。

由于《企业所得税年度纳税申报表》（A类）中没有单独体现弥补分支机构以前年度亏损的行次，实际工作中，可以将其填列在附表四《弥补亏损明细表》第3列“合并分立企业转入可弥补亏损额”中。

2、主表第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”存在的政策执行差异

汇总纳税政策规定：汇总纳税企业实现的预缴所得税，由总、分机构按分配比例于预缴时分别入库，其中50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴；总机构年终汇算清缴时统一计算、多退少补。与一般企业的纳税申报不同，汇总纳税企业填报的“本年累计实际已预缴的所得税”应包括按汇总纳税政策在总机构入库及向分支机构分配入库的本年度全部预缴税款。

执行中一些地区出于区域利益的平衡，分支机构未按总机构出具的分配表就地入库所得税，预缴税款或多或少，致使“本年累计实际已预缴的所得税”与实际不符，成为汇总纳税申报中较为突出的问题。

针对预缴税款未按规定入库的突出问题，国税函[2009]221号文件明确：“对应执行国税发[2008]28号文件规定而未执行或未正确执行上述文件规定的跨地区经营汇总纳税企业，在预缴企业所得税时造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多预缴另一方（或几方）少预缴税款的，其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税低于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额分配到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税高于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额从总机构或分支机构的预缴数中扣减。”从政策上要求：符合跨地区汇总纳税政策要求的分支机构，应按总机构分配表预缴税款。对不符合政策在当地多缴或少缴的所得税，应由分支机构主管税务机关在以后的预缴申报中解决，不能在总机构年度纳税申报表中反映。

例4：如果例1中的A企业2009年度1-4季度累计申报预缴所得税50万元，其中3季度分配表中分配西宁A3分公司所得税5万元，A3分公司在当地实际缴纳8万元，比分配税款多入库3万元，导致A企业2009年度全年实际缴纳所得税53万元，比应预缴的50万元多入库3万元。A企业2009年度纳税申报表主表第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”填报50万元，多缴的3万元应由西宁A3分公司在2010年度预缴申报中扣减。

3、分支机构损失由分支机构主管税务机关审批

《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件规定：分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。

新税法实施后，纳税人税前扣除资产损失的政策依据主要是《财政部 国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》财税[2009]57号及《企业资产损失税前扣除管理办法》国税发[2009]88号两个文件。税务机关对税前扣除资产损失的审理是目前所得税管理中的重点及难点。实行法人税制后，纳税人无论资产损失发生在总机构还是分支机构，都由总机构汇总后申报扣除。因此总机构年度纳税申报扣除的资产损失包括由各分支机构主管税务机关在当地审批的资产损失，总机构税务机关可以事后向分支机构税务机关实地核查。

从征管现状考虑，总、分支机构异地经营，总机构主管税务机关异地审核分支机构发生的资产损失存在一定困难，由资产损失发生地的主管税务机关审核更符合征管实际。当然，法人税制带来分支机构主管税务机关管辖权减弱也是不争的现实。因此，做好对汇总纳税企业资产损失审核及其他事项的管理，需要总、分支机构的主管税务机关之间的密切协作和配合，进一步在征管实践中完善对汇总纳税企业的所得税管理。