(1)法律依据不同:就业协议的依据是1983年3月2日教育部颁布的《高等学校毕业生分配制度改革方案》和1997年国家教委制定的《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》，而劳动合同则依据于1995年实施的《劳动法》。前者属于部颁规章，后者属于国家基本法律，部门规章的法律效力低于国家劳动基本法律。

(2)签订内容不同:就业协议书主要是毕业生和单位的工作约定。劳动合同是学生和单位的从事具体工作和享受何种待遇等权利和义务的约定，内容更为具体，劳动权利义务更为明确;

(3)签订时间不同:一般来说就业协议书签订在先，劳动合同签订在后(一般是学生到单位报到后)。如果毕业生与用人单位就工资待遇、住房等有事先约定，亦可在就业协议书备注条款中予以注明，日后订立劳动合同对此内容应予认可;

(4)签订目的不同:就业协议书是对毕业生就业基本情况的认定，是确定学生工作意向、用人单位愿意接收、学校编制就业计划和负责毕业生派遣的依据。劳动合同是劳动者和用人单位明确劳动关系中权利义务关系的协议;

(5)签订主体不同:就业协议书经毕业生和用人单位签字盖章即具有法律效力，学校签证后列入就业方案;劳动合同时毕业生与用人单位签订的协议，事实上合同解除文本。学校不是劳动合同的主体，也不是劳动合同的鉴证方。

(6)时效性不同:就业协议的效力始于签订之日，终于学生到工作岗位报到之时。就业协议的作用仅限于对学生就业过程的约定，一旦毕业生到用人单位报到，就业协议的使命也就完成了。就业协议不能替代劳动合同，不是确定劳动关系的凭证。

毕业生就业时必须签订《全国普通高校毕业生就业协议书》，在毕业生到单位报到与单位签订劳动合同后，就业协议书同时失效。

协议书与劳动合同的联系在于:就业协议书主要是毕业生和单位的工作约定。但可以在备注中就服务期、试用期、基本收入、福利、违约金等涉及劳动关系存续期间的权利义务进行约定;就业协议书有关服务期、试用期、基本收入、福利、违约金等，在毕业生到单位报到后，可以作为双方订立劳动合同的依据，但这些条款必须有列入劳动合同，在双方都认可后，正式签订劳动合同，才可以继续生效。