建设项目“三同时”制度也是我国环境保护法律制度中的一项重要制度。建设项目“三同时”制度是指一切新建、改建和扩建的基本建设项目、技术改造项目、自然开发项目，以及可能对环境造成损害的工程建设，其中需要配套建设的防治污染和其他公害的环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。防治污染的设施必须经原审批环境影响报告书的环境保护行政主管部门验收合格后，该建设项目方可投入生产或者使用。防治污染的设施不得擅自拆除或者闲置，确有必要拆除或者闲置的，必须征得所在地的环境保护行政主管部门同意。建设项目的防治污染设施没有建成或者没有达到国家规定的要求，主体工程就投入生产或者使用的，批准该建设项目环境影响报告书的环境保护行政主管部门有权责令停止生产或者使用，可以并处罚款；未经环境保护行政主管部门同意擅自拆除或者闲置防治污染的设施，污染物排放超过排放标准的，环境保护行政主管部门有权责令重新安装使用，并处罚款。
建设项目“三同时”制度是总结我国环境管理的实践经验，由我国首创，并为我国法律所确认的一项重要的控制新污染的法律制度。它和环境影响评价制度结合起来，成为贯彻环境保护“预防为主”方针的完整的环境管理法律制度。