来料加工的手续一定要掌握好时间的界限，在原材料进口通关以前首先要到原外经贸委（现在统一合并为商务局）办理开展加工贸易的申请，办理加工能力证明。《加工贸易企业经营状况及生产能力证明》有效期为一年。
然后是在电子商务加工贸易的网上申报系统作合同审批。
一、提供下列证明文件和材料办理加工贸易的批准证：
（一）、经营企业出具的书面申请报告及加盖经营企业的《加工贸易批准证申请表》。
（二）、经营企业进出口经营权批准文件和工商营业执照（复印件）。
（三）、加工企业注册地县级以上外经贸主管部门出具的加工企业生产能力证明（正本），加工企业的工商营业执照（复印件）。
（四）、经营企业对外签定的进出口合同（正本）。
（五）、经营企业与加工企业签定的加工协议（合同）正本。
（六）、审批机关认为需要出具的其它证明文件和材料。
二、填写加工贸易手册
三、手册在海关备案
有关经营单位应在对外签订的来料加工合同自批准之日起1个月内持下列有关单证向有关单位办理合同备案手续：
1. 加工单位或外贸（工贸）公司的营业执照。
2. 税务机关签发的税务登记证。
3. 审批部门的批准文件或合同备案证明书。
4. 对外经济贸易部批准立项的项目，还应提供对外经济贸易部批准的文件。
5. 对外签订的合同副本。
6. 海关认为必要的其他单证，如保函或保证金等。
以下是进口料件通关以后的操作
四、来料加工进出口货物办理报关手续
（一） 来料加工项下货物进、出口时应向海关提交下列单证：
1.填有进、出口货物数量、价值、规格等项目等项目并带有经海关认可的报关单位签章的“来料加工进出口货物专用报关单”1式3份。
2.《来料加工进出口货物登记手册》。
3.进出口货物的运单、发票、装箱单及海关认为必要的其他单证。
4.出口外汇核销单。
海关对上述单证进行审核，
（二）接受查验。
根据《海关法》规定，海关查验货物时，报关员应到场并负责搬移货物、拆和重封货物包装。
（三）办理缴纳税费手续。
遇下列情形之一的，免征进口税；①加工装配合同项下进口用于加工成品复出口的料件；②加工装配合同项下进口，直接用于企业加工生产出口产品，而在生产过程中消耗掉的燃料油，以及加工企业生产自用发电油；③进口合理数量的用于安装、加固机器设备的材料；④为加强工业生产管理，由外商提供进口的微型计算机、闭路电视监视系统、电话机等管理设备。
有下列情况之一的，按章征收进口税费；①为加工生产进口的办公用品；②超出海关规定免征进口税范围的加工贸易货物；③加工装配合同项下进口料件、设备等按规定缴交海关监管手续费。
（四）按受放行。
企业妥申报、按受查验和缴纳税费手续，并领取了海关签章的报关单核销联后，可将货物运离海关监管现场。
五、到有关退税分局办理来料加工免税证明
单证要求为：
⑴来料加工登记
a、海关来料加工登记手册
b、外经贸委加工贸易批准证
c、进口料件报关单
d、来料加工合同
e、《来料加工贸易免税证明》一式四联
出口企业必须先到有关退税分局领取来料加工免税证明，再按照实际进出口数据正式填写，盖企业公章后，带前述a-d四份单证一起交由退税分局办理。
以上单证必须是正本。应注意的是：在办理来料加工登记之前，货物必须先到海关办理出口报关，由海关在登记手册上登记出口数量并盖有验讫章。
⑵来料加工核销（退税局的核销）
企业在货物出口后，在规定期限内，即必须在海关手册到期三个月之内向退税分局办理来料加工免税核销手续，单证要求为（以下均为复印件）：
a、进出口报关单
b、外经贸委加工贸易批准证
c、来料加工合同
d、海关来料加工手册
e、外销发票
f、结汇水单
g、海关手册结案单或保证金台帐联系单（结案联）
h、《来料加工贸易免税证明》单第二、第三联（正本）
如果出口企业办理逾期核销手续或来料加工进口料件转内销手续，除携带上述单证外，还须携带《来料加工贸易免税证明》第一联（正本）。
六、来料加工海关核销手续
按照我国《海关关于对外加工装配业务的管理规定》第 6条：加工装配合同必须在合同到期或最后一批加工成品出口后的一个月内，凭当地税务部门在海关“登记手册”内签章的核销表，连同有关进出口货物报关单，以及有关单证向主管海关办理核销手续。核销时应递交下列单证：
（1）“对外加工装配进出口货物登记手册”。
（2）经海关签章的进出口货物报关单。
（3）对外加工装配补偿贸易合同核销申请（结案表）。
（4）对损耗率较高的产品，应提供详细的加工生产用料清单和加工