海兰珠在卓林坟前告诉他已经报了仇，但自己生下了皇太极的孩子，希望能把孩子带大成家立业再来找他。突然脚步声响，海兰珠藏了起来，见阿古拉要带娜木钟私奔，娜木钟不去，说阿古拉丢下姐姐无情无义不能相信，阿古拉说其实杀害卓林的是哲哲，只是希望姐姐能帮自己和额吉报仇，姐姐也受皇上宠爱不会有事。
海兰珠大惊，走出来谴责阿古拉，娜木钟见自己的事败露便把海兰珠打晕过去。海兰珠突然醒来见皇太极在身边，阿古拉已经随多尔衮出征去了。多尔衮带金军大败明军，祖大寿及时收兵撤退，阿古拉要奋起直追被多尔衮阻止。豪格和阿古拉不服，阿古拉拿出皇上的飞鹰金牌私自调兵出发。军队陷入陷阱眼看全军覆没，多尔衮和多铎及时赶来和明军恶战，活捉了祖大寿，多铎却因为伤势过重昏迷不醒。
豪格和阿古拉被五花大绑押入营帐，阿古拉不服拿出皇上的飞鹰金牌，多尔衮看了冷笑说这是假的，阿古拉被多尔衮斩首示众。金军凯旋回朝，海兰珠见弟弟被杀，要杀死多尔衮为阿古拉报仇。海兰珠试探出阿古拉的飞鹰金牌是娜木钟给的，娜木钟怕事情败露以的肚子里的孩子是阿古拉骨肉令海兰珠不忍告发她。
玉儿前去看望多铎，见多尔衮和多铎两兄弟之间的深情，感慨自己和海兰珠、赛琦雅、阿古拉等人之间的磕磕碰碰，目光变冷，慢慢走去，多尔衮看着玉儿的背影感觉又熟悉又陌生。

玉儿抚琴看着赛琦雅的画像思念额吉，海兰珠求见想告诉她在城楼上的真相，玉儿不听，劝珠不要再做伤天害理的事情否则不会放过她。宫中举办哲哲的封后大典，海兰珠突然前来求皇太极救救小阿哥，皇太极匆匆离去，御医开药没用，只得请来萨满法师，法师说小阿哥要子凭母贵唯有母亲做皇后才能保孩子的命。
皇太极听完下旨暂停封后，另择吉日。皇太极见海兰珠日日夜夜都为小阿哥祈祷十分心痛答应一定不会令她失望，亲自找到哲哲希望能理解自己要另立海兰珠为皇后，哲哲十分震惊，皇太极说完转身离开。
海兰珠邀请玉儿一聚，边喝酒边看着新凤袍，玉儿随手将酒泼在凤袍上，海兰珠却毫不在意，说出杀害卓林的人是哲哲自己要报仇，提醒玉儿不要再相信哲哲，玉儿吃惊的看着海兰珠。玉儿心事重重的回到寝宫见哲哲已经等着自己，哲哲希望玉儿能帮自己，不料玉儿询问卓林的死，哲哲大惊只得承认。哲哲说出如果海兰珠当上皇后，多尔衮杀了她弟弟，也一定会招海兰珠的迫害，希望玉儿好好考虑。
哲哲又找到多尔衮讲明如果海兰珠当了皇后，不但会迫害玉儿，也一定不会放过杀她弟弟的人。多尔衮为了玉儿联合大臣共同反对封海兰珠为皇后，皇太极大怒不作理会，并亲自带海兰珠去看哲哲和玉儿，玉儿见到皇太极说自己有一个办法即能保住小阿哥，还能让朝中大臣心服口服，问皇太极是否感兴趣。

皇太极听玉儿说如果小阿哥认哲哲为母亲，就即保了阿哥也能立哲哲为皇后，两全其美，心中一动有所考虑，答应祭祀让上天来决定封皇后的事。玉儿祈祷明天开始就是风平浪静，有新的开始。祭祀开始皇太极说听到上天安排要让小阿哥认哲哲为额娘，和玉儿一起照顾他，并宣布上天安排明日吉日正式封海兰珠为皇后，哲哲、玉儿、娜木钟晋封为妃。
众大臣见皇太极如此坚定也都敢怒不敢言。海兰珠身穿凤袍大笑为卓林报了仇，哲哲突然出现告诉海兰珠，杀死卓林的幕后真凶是皇太极，因为不想失去她，海兰珠大惊。
册封仪式正式开始，海兰珠却一直未到，皇太极赶去见海兰珠正在为卓林烧着纸钱，皇太极被逼承认自己是杀害卓林的凶手，海兰珠抱起儿子夺门而出。海兰珠欲抱着儿子跳楼自尽，被皇太极抢回阿哥，珠却失足掉下城楼倒在血泊之中。哲哲终于穿上凤袍，母仪天下，但册封时皇太极却回避不到。
海兰珠一直昏迷躺在床上，皇太极守在床边苍老不少。朝廷上商量如何招降明军统帅洪承畴，有消息称此人重情重义但对自己死去的爱妻念念不忘，不过他的妻子与玉儿的长相十分相似。皇太极找玉儿希望能帮自己招降洪承畴。多尔衮知道后气愤的想杀掉洪承畴，以免玉儿受辱，忽然想起了和玉儿很像的一个人。玉儿知道此事成与不成，自己都会被皇太极赐死，去看望昏迷的海兰珠，真希望两姐妹能在下辈子在对的时候碰上对的男人。

玉儿站在城楼无限感慨，随后拜见皇太极拿出当年的情书，撕的粉碎转身为皇太极去劝导洪承畴，玉儿和皇太极的夫妻情分也随着信件烟消云散。多尔衮带着和玉儿长相相似的秀珍前去搭救玉儿，被小玉儿发现，跟踪在他们后面。牢房里，洪承畴见到玉儿忽然觉得是亡妻站在面前，玉儿柔情劝导令，洪承畴十分感动，玉儿离开牢房后，洪承畴背墙而哭，多尔衮带着秀珍前来要他为大清效力，便把人赏赐给他。承畴不舍，又不欲叛国，十分为难。
玉儿认为皇太极会为了面子赐她一死，要求多尔衮再带她出去游玩一次，玉儿希望多尔衮能好好对待小玉儿母子，多尔衮答应，在远处偷看的小玉儿心中释怀便悄悄的从另一面下山，半路被娜木钟撞见，娜木钟嘲笑小玉儿不知道多尔衮和玉儿的私情，两人争执，小玉儿被推下山崖。多尔衮回家不见小玉儿，到处寻找，在山崖下找到了尸体。
多尔衮内心愧疚，只见小玉儿安详的躺在棺木里。娜木钟担心自己推小玉儿的事败露，便告诉皇太极小玉儿之死，是为玉儿和多尔衮的私情跳崖而死的。玉儿见小玉儿死去，心中难受找到昏睡中的海兰珠谈论心事，皇太极赶来责问玉儿为何与多尔衮私自会面，玉儿沉默对抗，皇太极大力将玉儿甩开。
玉儿倒在海兰珠身上，海兰珠身子猛然一震突然开口要喝水，醒来后却什么也不记得了，海兰珠觉得玉儿很亲切，告诉她自己经常梦见黑熊和鲜血十分害怕，玉儿安慰希望海兰珠打开心结，就不会梦到害怕的东西了。

皇太极带着海兰珠荡秋千沉浸在幸福之中。皇太极回寝宫路过玉儿房间听到福临抱怨皇阿玛不陪他荡秋千却只陪着海兰珠，心里愧疚，带着福临荡秋千玩耍，突然太监来报海兰珠有喜了就马上离去，反而让福临和玉儿倍感失落。
皇太极一高兴，等孩子出生要大赦天下而且要立为太子，令哲哲和其他妃子都十分震惊。朝廷上，皇太极拿到洪承畴画的明朝军事地图狂喜，要御驾亲征任命豪格、鳌拜为副将，却把多尔衮留在盛京。亲征前夜，皇太极派人亲自负责海兰珠的膳食，而且赐宝剑给她可以先斩后奏。海兰珠的婢女强势凌人被哲哲教训，海兰珠手拿宝剑令哲哲只得放手。玉儿念旧情，加倍对海兰珠好，希望她能忘了过去过现在开心的生活。
哲哲为了保住自己的地位，找到海兰珠带她到摔伤的城楼，拿卓林的葫芦项链给她，让她闻海兰花的香味，并带她到卓林死的山洞，看无数的海兰花，海兰珠突然头痛欲裂冲出山洞找到卓林的坟，挖出尸骨，悲痛的大吼，回想起过去的一些记忆。回寝宫马上找到玉儿询问以前的事情，想起了所有一切。海兰珠平静下来，送福临一件漂亮的小棉袄，福临高兴拿了两个蝴蝶风筝回礼，哲哲见风筝好看轻轻的抚摸了一下。
风筝挂在海兰珠的窗边，半夜海兰珠突然小产了，手拿宝剑要为孩子报仇，玉儿让福临逃走，写信给多尔衮要他前来搭救，海兰珠要杀玉儿因为风筝上有海兰花毒，但玉儿讲述了过去两人的种种深情，令海兰珠无法下手，让玉儿逃走。玉儿知道哲哲碰过风筝，认为是哲哲下毒，令两人相互对立。海兰珠中毒突然吐血而亡，多尔衮赶到询问，玉儿不答，却只要多尔衮记得他的诺言，要一生为她倾力而战。