（四）透明度不高，容易引起矛盾激化

被征收土地者在整个土地征收过程中处于被动的劣势地位，如补偿方案的确定是由政府核准并实施，难以避免暗箱操作行为的发生，http://www.5law.cn/b/a/falvzhuanti2/ldhtfqw/2012/1010/41541.html。征收程序的公示性难以保障。而人民法院在审理土地征收及补偿案件中，常常受到来自于地方保护主义的压力，农民为了寻求救济的途径，往往采取集体上访甚至更为极端的解决方法，成为社会的不稳定因素。

（五）土地收益分配和管理的问题

在土地征收的过程中，土地收益包括所有权和使用权收益，土地收益应该在失去土地所有权及使用权的主体之间分配，即集体经济组织和农民个人之间分配。《中华人民共和国土地管理法》第二十六条规定：“费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的费用。市、县和乡（镇）人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。”但是在实践中，有的县级和乡镇政府也参与到补偿收益的分配中，从而导致集体经济组织和农民个人得到的补偿减少。同时，土地补偿费及安置补助费的使用、管理缺乏必要的约束和监督，农民得不到妥善安置的情况时有发生。