土地征收补偿费用分配纠纷是审判实务中的难点和焦点问题，在近几年的审判实践中主要有以下两种类型的案件在立案时存在分歧意见。
一种是农民的土地被征用后，因土地征用费分配纠纷被征地农民向法院提起诉讼，法院应否受理？在这个问题上，近几年最高人民法院也有不同的意见。1994年12月30日最高人民法院在《关于王翠兰等六人与庐山区十里乡黄土岭村六组土地征用费分配纠纷一案的复函》中规定：征用土地的补偿、安置补助费，除被征用土地上属于个人的附着物和青苗的补偿费付给个人外，其余被征地单位用于发展生产和安排就业等事业。现双方为土地征用费的处理发生争议，不属于法院受理案件的范围，应向有关机关申请解决。”最高人民法院立案庭在2002年民立他字第4号批复中也认为，村民因土地补偿费与村民委员会发生争议的，不属于民事案件的受案范围。而最高人民法院研究室法研（2001）51号《关于人民法院对农村集体经济组织所得收益分配纠纷是否受理问题的答复》以及（2001）116号《关于村民因土地征用费、安置费问题与村民委员会发生纠纷人民法院是否受理的答复》认为：此类案件属于平等民事主体之间的纠纷，只要符合民事诉讼法的有关规定，应当受理。2007年9月1日生效的《中华人民共和国物权法》第132条规定：承包地被征收的，土地承包经营权人有依照本法第四十二条第二款的规定获得相应补偿。第42条第2款规定：征收集体所有的土地，应当依法足额支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等费用，安排被征地农发的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。

对此类案件，笔者的观点是：根据物权法的有关规定，土地承包经营权也属于农民应当保护的一项重要权益，如果土地被征收了，农民就失去了从承包土地经营权中获利的可能，土地被征收，农民应当有权起诉，要求得到相应的补偿。

第二种案件类型是农村集体所有的土地已经被分配给农民个人了，但因为公共利益的原因被征用的土地面积较大，涉及的农户较多。收养。村委会或村民组在对被征地农户补偿其应得的青苗补偿费及地上附属物补偿款后，对剩余的款项在本集体经济组织内部进行分配，因分配不公而在集体经济组织内部引起的纠纷。此类案件是否受理？在2005年9月1日以前，各地法院结此类案件是否立案掌握的标准也不一样。最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》中对此有了新的意见。该解释第二十四条规定“征地补偿方案确定时已经具有本集体经济组织成员资格的人，请求支付相应份额的，应予支持。”司法解释出台后，就有很多城郊土地被征用的村民来诉要求受理，并以最高法院的司法解释作为请求权基础。最高人民法院的司法解释虽然使此类案件的处理有了请求权基础，但在受理案件的问题上又说“是否具备集体经济组织成员资格是一个政治概念，最高法院已向全国人大常委会提出司法建议”。直至目前，此类问题如何处理仍无定论。

对于农村土地补偿费分配纠纷案件是否应予受理，在审判实务中存在两种意见：一种意见认为，此类案件不应当受理。理由是：虽然最高法院的司法解释规定“征地补偿方案确定时已经具有本集体经济组织成员资格的人，请求支付相应份额的，应予支持”，但其表述是“份额”不是金额，也不是数额，其应是一种权利等分的表述，主张的是支持权利，所以，对于要求获得相应土地补偿款数额的诉讼请求，不该予以支持。其次，如果原告起诉要求取得一定的权利，就涉及到村民待遇问题。根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层组织。同时，法律又赋予了村民委员会享有管理本村自治范围内事项的权利，例如村民委员会享有对农民集体所有的土地和其他财产的管理权，集体经济组织依法享有独立进行经济活动的自主权等。收养。所以，村民或集体经济组织成员资格在目前不是法院可以确认的。法院过多干涉村民待遇问题，就使村民委员会的村民自治无法更好地实现，也极易引起村民委员会或村民对法院的不满，对法律权威的动摇。第三，土地是农民赖以生存的物质资料，而长期以来，我国农村土地问题中存在着各种纷繁复杂的情况，甚至每个村、每个集体经济组织都会呈现出各自不同的特点，而且每一个案件的处理结果，都会影响到农民切身的利益。法院在处理这类问题时，一旦处理不好就极易造成当事人的群体上访，给社会稳定埋下隐患。这也是在实践中有些法院或法官不愿碰或不敢碰这类案件的一个现实原因。