让我们来分析一下你与公司的关系。首先应当肯定的是，你与公司已经建立了劳动关系，尽管你们之间没有签订劳动合同，但这并不能否定这种劳动关系。另外，未签订劳动合同的过错不在于你，而在于公司（即用工方）。其次，你与公司签的一份协议，该协议约定“你自愿留在某公司学习三年.不能以任何理由辞职(除理由合理外)否则赔尝公司损失5000元.”，这份协议可以看作是劳动合同的一个附件或者是补充。那么，这份协议上的这种约定是否合法呢？答案显然是否定的。这种约定排除了劳动者的主要权利（辞职权）。另外，“劳动者辞职须赔偿公司损失5000元”更是与法不符。你的辞职有没有造成公司的损失？这种损失有多大？你的辞职是否违反竞业禁止性规定？这些都没有搞清楚之前公司就要求你赔偿5000元显然是不合法的。所以，你不必怕那份协议。我国《劳动合同法》第四章规定了双方如何行使解除合同权，只要符合法律的规定，你当然具有辞职权。这是法律赋予你的权利。再次，协议是几份的问题并不影响协议的效力，公司当时有无盖章也不影响协议的效力，重要的是协议的内容违法了，所以该协议是无效的。

这份协议是有效的，但其中的违约金不一定有效，你看一看下面的法条，第二十五条。（摘自《劳动合同法》）

第二十二条　用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。 
    劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。 
第二十五条　除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。 
    用人单位与劳动者约定服务期的，转正后解除劳动合同。不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。 
    第二十三条　用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。 
    对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

除了一个人犯法了外，不然是不能以任何形式限制一个人的自由的！不然那就是犯法！
  这个主要是看自己是不是想帮他做，老板做的太过分不一定要守自己的成偌的！因为大家都是把自己的利益摆在眼前的。

应该去申请劳动仲裁,以不发工资为合理的理由.辞职.或中止协议
用人单位和劳动者发生以下劳动争议可以申请劳动仲裁：

　　（一）因用人单位开除、除名、辞退劳动者和劳动者辞职、自动离职发生的争议；

　　（二）因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议；

　　（三）因履行劳动合同发生的争议；

　　（四）法律、法规规定的其他劳动争议。

这个是无效的，因为协议书应该是一是双份的，你要是没有他的签名（或带公司章的）就说明是单方面的协议，这个是不成立的咯。
具体的关于你自己利益该获得什么，你应该问下相关法律人员，好象全国总工会就是管这个的吧

这是无效滴协议！
那老板没有当着当事人的面签字，可以当作是条件没谈成功！
        那合同完全是无效的```
 加上合同只有老板那有
    他可以随便添加或删除一些内容`
 加上你也没签字`
   根本不用怕！

以上各位说得都很清楚.合同的基本要求必须是在双方协议后签的.你们签的只能当是一种口头上的协议,具有甚少的法律效力.

该 协议 没有意义！
       不受《法律》保护！
              你大可以所要 属于你自己的那份 协议 并解除劳动关系！！

这个东西没有用啊~~你们可以和他谈谈看情况在说啊`没有什么依据啊

如果他没有没有在协议上签字，那你们的协议就没效果啊！

无效，肯定无效的，但是具体的你最好去律师事物所咨询一下。
另外给你个建议，这事最后和单位协商解决，很多事情都在于和气的，虽然合同肯定无效，但是对簿公堂也是对谁都没有好处的，5000不是太大的数目，如果你觉得合适的话可以选择得到一些而放弃一些，不然会很费时间和精力的`祝你好运

违约金条款有效，请看《劳动合同法》第二十五条。
第二十五条　除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。

无效的，
第一，他没有当场签名，
第二，协议应该一式3分，你手上应该有一分，

如果你在上面签字了，而且合同的内容没有违反法律强制性规定，那么合同有效，违反合同的一方应该承担违约责任。

此协议是合法有效的.

该 协议 没有意义！
不受《法律》保护！
你大可以所要 属于你自己的那份 协议 并解除劳动关系！！

没效