审判机构或仲裁机构在审理企业并购纠纷案件时，对于被并购企业遗留债务，当事人之间约定了新的债务承担人、并经债权人同意的，可依当事人的约定；对于虽未经债权人同意，但新的债务承担人有足够能力清偿债务的，可按照实际情况确认由新的债务承担人承担债务；对于仅对被并购企业的财产进行了处理，而未处理债务的，原则上应当由并购企业在所接受财产的等值范围内承担原企业遗留债务。 
对企业出售中，卖方隐瞒或遗漏原企业债务的，应当由卖方对所隐瞒或遗漏的债务向原企业的债权人承担责任；对企业吸收合并中，被兼并企业原资产管理人隐瞒或遗漏债务的，应当由被兼并企业原资产管理人对所隐瞒或遗漏的债务承担民事责任；对借企业分立剥离企业有效资产，以逃避债务的，应当将分立后的企业列为共同被告，并依法确认由其承担连带责任。 

4、关于员工安置问题 
企业并购后通常面临着人员的整合和调整，由此产生许多员工安置方面的纠纷。从法律上看，企业并购面临的法律后果无非是企业法人的终止、变更和重新设立，原企业的权利义务总有新的承继者。民法通则第四十四条第二款规定：“企业法人分立、合并，它的权利和义务由变更后的法人享有和承担。”这是审判机构或仲裁机构在处理企业并购后因变更、解除、续签劳动合同引起争议的过程中所遵循的基本法律原则。 
（1）关于企业并购后劳动合同应变更而未进行变更，事后引起争议的处理。有些企业并购后，只与在岗职工“重新签订”了劳动合同，而未与休假、病退、带资上学、停薪留职的职工“重新签订”劳动合同。这应视为对原合同的继续认可，之后引起劳动争议的，法院应认定原劳动合同在到期之前仍然有效，劳动者的相关权利仍然受到保护。 

（2）关于变更劳动合同中，因用工方附限制性条件引起争议的处理。有些并购后的企业在变更劳动合同时，利用自身的优势地位，给劳动者附一些限制性条件。如有些企业要求劳动者必须入股，否则不与其签订劳动合同。这种做法严重违背了订立、变更劳动合同应遵循的平等自愿、协商一致原则，也违背了劳动部《关于企业实行股份制和股份合作制中履行劳动合同问题的通知》中“企业不得强迫职工入股，不得因职工不入股降低劳动报酬、停发工资或硬性安排下岗，更不得解除与职工劳动关系”的规定。对这种附加有失公平条件变更劳动合同的做法，法院不应支持。由此给劳动者造成损失的，用工方应根据劳动法第九十八条进行赔偿。