两罪都是破坏我国民族之间平等、团结、互助关系的犯罪，其主观特征都为故意犯罪，但两罪的区别表现在：

1、主体要件不同。侵犯少数民族风俗习惯罪的主体要件为特殊主体，即只有具有国家机关工作人员身份的自然人才能构成此罪，非国家工作人员或者虽具有国家工作人员身份但不属于国家机关工作人员的，其侵犯少数比族风俗习惯的行为不构成此罪。当然，倘其行为符合其它侵犯公民人身权利、民主权利罪构成要件的，应以他罪定罪处罚，而煽动民族仇恨、民族歧视罪的主体要件为一般主体，凡所满16周岁具有刑事责任能力的自然人，都可能构成本罪。

2、客体要件不同。煽动民族仇恨、民族歧视罪侵犯的客体主要是各民族的平等权利，集合犯。有时，本罪的客体还可能是复杂客体，即行为人实施的煽动行为不仅构成对其一民族平等权利的侵犯，有时还可能直接侵害有关民族公民的人身、名誉、人格等权利；侵犯少数民族风俗习惯罪的客体则是我国少数民族保持或者改革本民族风俗习惯的权利。

3、客观要件不同。煽动民族仇恨、民族歧视罪的客观特征主要表现为行为人故意实施的煽动民族仇恨、民族歧视的行为。煽动，就是蛊惑人心，以鼓动、劝诱或者其他方法，促使某一民族群众对其它民族产生仇恨、歧视等情绪或心理，或者采取一定的敌视行动。其危害性就在于可能使被煽动者产生某种破坏民族团结的违法犯罪的意图和行动。行为人进行煽动的方法是多种多样的如书写、张贴、散发标语、传单、印刷、散发非法刊物；录制、播放录音、录像；发表演讲、呼喊口号等，从而制造民族矛盾，使不同民族之间相互为敌或相互歧视。侵犯少数民族风俗习惯罪的客观特征则表现为非法侵犯少数民族风俗习惯的行为。所谓非法侵犯，是指违反宪法和有关的法律规定，采用暴力、胁迫等手段，破坏少数民族风俗习惯，或者强制少数民族改变自己的风俗习惯。从司法实践来看，非法侵犯行为主要表现为以下三个方面：其一，强迫少数民族改变自己的风俗习惯，例如，强迫少数民族改变自己的饮食禁忌，禁止少数民族公民身着民族服饰等；其二，破坏少数民族的风俗活动，例如扰乱少数民族的传统节日，阻挠少数民族的婚丧嫁娶仪式等；其三，阻止少数民族对自己风俗习惯的改变等。