行政复议和行政诉讼是解决行政争议的两种不同法律制度，两者都是由不服具体行政行为的行政管理相对人提出。由于两者都为了解决行政争议，而又用两种不同的法律途径去解决，这就不可避免地会发生冲突，即行政争议一旦发生，不服具体行政行为的行政管理相对人到底应采取哪种方式来解决行政争议。我国现行法律对此有两种规定：一是自由选择制度，即行政管理相对人可以选择解决行政争议的方式，可以申请复议，也可以申请诉讼。如：《矿山安全法》第四十五条规定：“当事人对行政处罚决定不服，可以在接到处罚决定通知之日起十五日内向作出处罚决定的机关的上一级机关申请复议;当事人也可以在接到处罚决定书通知之日起十五日内直接向人民法院起诉。”二是复议前置制度，即根据法律、法规的规定，行政管理相对人对行政机关作出的具体行政行为不服，必须先向行政复议机关申请复议，不允许未经过行政复议程序直接向人民法院提起行政诉讼。只有对行政复议决定不服，才能到法院提起行政诉讼。正如前文引用的《实施条例》第四十六条规定、《复议的规定》第十四条的规定就是此例。在这里行政复议程序是提起该行政诉讼案件的必经程序。在复议前置的情况下，行政管理相对人必须先向行政复议机关申请行政复议。
现行审计行政复议体制存在以下弊端：
第一，审计行政复议的行政色彩太浓，缺乏独立性。行政复议作为一种纠纷解决机制，独立性是其重要特征。现行体制中，虽然审计行政复议机构是按三方原则组成，依法律授权“独立行使审计行政复议权”，但实际上行政力量在复议机构中占主导地位，“三方原则”实际上很难做到，审计行政复议机构的行政性色彩浓重，司法性不够，容易受到行政干预。
第二，审计行政复议人员专业化、职业化程度低、整体素质不高。根据法律法规规定，审计复议机关负责法制工作的机构是审计复议机构，但是对具体担当审计复议职责的审计复议人员的专业、学历、资历未作任何规定。实际上，行政复议是“准司法”行为，要求主持复议工作的人员应具备相当的法律专业知识且从事过一定年限的法务工作。但就目前情况看，许多地方的审计复议机构法律专业人员匮乏，有的地方几乎是空白。这导致审计复议人员整体法律素养较低，难于胜任司法性程度很高的审计行政复议工作。
第三，审计行政复议决定不具有终局效力，缺乏权威性。现行体制下审计行政复议在审计行政争议处理过程中实际处于“中间环节”的地位。如当事人不服复议结果，复议要服从审判，这一方面可能使审计复议机构缺乏积极性，只为履行程序而一裁了事，弱化了复议程序高效率的功能;另一方面，审计行政争议经复议后又可能诉诸法院，没有发挥复议作为一种纠纷解决机制分流争议案件、缓解法院工作压力的作用。
第四，审计行政争议不能直接求助于法院和法官作出裁断，很难达到程序的公正性。审计行政争议复议程序的前置，使争议当事人不能接近法院和法官。当事人在争议发生后主张的只能是复议请求权，也就是只具有启动复议程序的资格。复议程序的启动与否，不仅取决于当事人是否主张其复议请求权，还决定于复议机构的复议权。复议权包括争议案件的受理权、审理权和裁决权，其中最为关键的是受理权的行使。在复议程序结束后，当事人不服复议决定，当事人才具有了主张诉权的机会，即启动诉讼程序的权能和资格。设置复议前置程序剥夺了申请人的选择权，不符合司法最终原则和程序正义等法治原则，不利于保护当事人的合法权益。而在现行体制下，将审计行政争议强制性规定为行政诉讼的前置程序，剥夺了当事人将争议直接诉讼法院的权利。依据法治原则，司法是社会公正的守护者，是正义的最后一道防线，任何人在自己的合法权益受到侵犯时，都有权获得司法救济，除非双方当事人有协议明确应该将争议提交仲裁，否则，法院都应当受理争议案件。
第五，“复议前置”的弊端还在于，依我国现行体制，审计行政复议机构受理审计行政争议案件有范围限制，这样就可能导致一些审计行政争议由于不属于复议机构受理范围，或者因审计复议机构错误地不予受理，而无法诉讼法院，最终导致当事人诉权无法实现。另外，在纠纷解决机制中，及时、便利应是一个必要的考量因素。所谓“迟来的正义非正义”，“审计复议前置”导致现行审计行政争议解决过程周期长、成本高，不利于保护当事人的合法权益。按现行体制，审计行政复议的时限一般是60天，特殊情况的还可以再延长30天，行政诉讼的时限一审三个月，二审两个月，在特殊情况下还可以适当延长。这样，一个审计行政争议案件可能历时一年以上才能得到具有终局效力的裁决，增加申请人的维权成本。
从我们国家审计行政争议处理的总量分析，大部分审计行政争议在行政复议阶段得到解决，只有部分案件的救济程序还会继续下去。其原因是当事人出于工作关系和潜规则的考虑不情愿地放弃了诉讼权。
诉讼方式是文明社会用来解决当事人之间争议的最终和最重要的法律程序，没有诉讼程序制度，诉讼外解决争议的方式也就失去了依托，当事人权利救济的程序就有可能支离破碎，而实体权利的受害也会因程序的缺漏得不到相应补救。法制社会的基本特征是，权利在受到侵害时能够有适当的、保障其为矫正权利的司法通道，而不是违背司法最终解决原则，以其他程序方式完全替代诉讼程序。在现行体制下，当事人与审计机关之间发生争执后并不能直接向人民法院提起诉讼，行政权力截留了其中部分裁决权，行政权并没有在当事人权益纠纷中完全撤离。以前，电信、消费者等纠纷往往也需要行政程序先行作出决断。最近，最高人民法院有关司法解释对垄断行业所产生的纠纷可以直接向人民法院起诉作出了规定，可以预见的是，类似的司法绿色通道将越来越宽。当事人直接求助于诉讼程序保障，也就是当事人启动诉讼程序的权能和资格会得到保障。在诉讼程序启动之后，权能才能落实为具体的权利。正如我国台湾学者邱联恭所言，“‘程序的保障’和‘程序权的保障’是有区别的：”程序的保障‘是指’保障走向法院、接近法官之机会、权利(司法制度使用权、程序参与权)‘;……当然，诉讼权和诉讼权利的关系是辨证统一的，无诉讼权，则不能保障公民接近法院、使用司法制度，它是享有诉讼权利的前提……“。当事人接近法院和法官并接受裁判的权利，大多被各国宪法所肯定，逐步演化为宪法性权利，”综合多国的宪法发展史来看，诉讼权不仅在近代宪法中有明文规定，而且在现代市民宪法中有了进一步的强化，领域也有所扩充，包括刑事诉讼、民事诉讼、行政诉讼和宪法诉讼。“可以预见，随着人类文明的发展和法制社会的完善，当事人接近法院和法官的权利，即当事人启动诉讼程序的资格和条件会相应放宽。
从受理机关来看，我国《行政复议法》、《实施条例》、《复议的规定》规定的受理机关是作出纠纷所涉及的行政行为的原审计机关的上一级审计机关或者法定的行政机关，也就是说拥有审计行政复议职能的机关依然是行政机关;而对于行政诉讼来说，作为解决纠纷机关的法院却是属于司法机关的范畴。从受理机关的性质上我们可以看出，行政诉讼的受理机关具有“第三方”(相对于纠纷涉及的双方来说)的性质，也就是说至少其从表面上看来是“超然的”，虽然我们不能从受理机关的“形式上的独立”而必然得出其在解决纠纷的过程中以及最后作出解决结果的“实质的超然”，但是从纠纷双方特别是作为事实上无法“找到合作者”的行政行为的相对人对纠纷后果的预期来说，寻找一个至少从表面来看与审计机关“并非一家”的法院，从其心理对纠纷解决结果的“利己性”的期望实现的概率要大些。事实上这也是现代社会普遍将诉讼作为纠纷解决的“最终屏障”的原因之一。
审计行政强制复议前置，却非常有可能使公民对法律本身失去信心，从而也使某些公民将自己的维权之路转移到其他非制度渠道(如不断上访、申诉甚至暴力抗法)，这不但影响了政府的正常工作，也在很大程度上影响了社会稳定。为此，笔者认为，这一制度理应加以改革。从行政诉讼法实施以来的十多年间，很多学者不但反对在行政诉讼之前必须经过行政复议，而且对目前法律中存在的复议前置规定也颇有微词。如果仅仅从程序权利角度来说，多设置一道程序事实上确实给当事人增添了一定的不便，使其不能尽快地从根本上维护自身的合法权利。
