以上事实双方当事人没有异议。

本案争议焦点是：１．江城公司应否承担扬中支行向建设村支付的１３．５万元？２．扬中支行建设工程停工、因规划变更修改图纸是否由江城公司造成，损失应否由江城公司赔偿？

围绕第一个争议焦点，扬中支行举证认为，该款项是征地补偿款，应由江城公司向被征地单位建设村支付。对此，扬中支行提交了下列证据：１．建设村委会收款凭证以及情况说明；２．转让合同补充协议。

江城公司质证认为，征地安置补偿费应当根据法律规定支付，扬中支行支付上述费用没有依据。扬中支行所提交的证据不能证明江城公司有义务支付１３．５万元，证据１只能说明扬中支行与建设村协商一致支付了１３．５万元，证据２证明江城公司与扬中支行土地转让费用的构成。

江城公司举证认为：其转让给江城公司的土地是从地产公司受让取得，地产公司作为征地单位已经支付了征地补偿款。对此，江城公司提交了以下证据：１．扬中市国土管理局征地批复和建设用地批准书；２．国土管理局与建设村征地补偿协议；３．地产公司与国土管理局征地费用包干协议；４．江城公司与地产公司土地转让合同。

对以上证据，扬中支行质证认为，根据以上证据，征地补偿协议的主体是国土管理局，而不是地产公司。

对于争议的第一个焦点，本院认为，根据江城公司提交的证据证明：８－５８号宗地原是建设村集体土地，地产公司经批准征用办理了出让手续后又转让给江城公司。根据我国土地管理法的规定，用地单位应当依照国家法律以及有关规定支付土地补偿费、安置补助费。地产公司在征地过程中，通过土地管理局与建设村订立安置补偿协议，对建设村进行了补偿。扬中支行在建房过程中，又支付给建设村１３．５万元，因地产公司、建设村未参加诉讼，根据现有证据无法判断１３．５万元款项的性质、构成以及支付的义务主体，即：１．该款项是否为原征地补偿协议约定应由用地单位支付，但有义务支付的单位未向建设村支付？２．该款项是否属于虽未在征地补偿协议中约定，但依法应当补偿的费用？３．该款项是否属于建设村单方提高补偿标准而发生，扬中支行为平息事端自愿给付？因此，对于江城公司应否承担扬中支行向建设村支付的１３．５万元费用问题，因涉及地产公司、建设村等其他诉讼主体，该项反诉请求，不符合反诉条件，不应并案审理，扬中支行应另行起诉。

围绕第二个争议焦点，即扬中支行建设工程停工、因规划变更修改图纸是否由江城公司造成，损失应否由江城公司赔偿问题，扬中支行举证认为其停工和变更设计是江城公司的下列行为造成：１．双方在确认以江城公司商品楼为界时，江城公司商品楼未建，因此地界不明；２．江城公司未按规范建房，造成停工并重新规划设计。对此，扬中支行提供的证据是：１．扬中支行建房批复；２．建房示意图；３．停工通知。

江城公司质证认为，停工通知清楚地载明，停工的原因是建设单位自身的原因造成，停工与江城公司无关。至于规划变更，是政府规划的需要，也与江城公司无关。对此，江城公司提交了政府会议纪要。该会议纪要载明，扬中支行综合楼必须服从规划并进行调整。

对于争议的第二个焦点，本院认为，扬中支行综合楼停工是扬中市建委发出停工通知并收回建设工程规划许可证，规划设计变更是服从政府的规划要求，以上均由政府的行政行为所致，因此扬中支行的该项请求不符合反诉条件，扬中支行对因政府的行政行为造成的损失应当提起行政诉讼。扬中支行上诉请求判令江城公司赔偿损失的请求，本院不予支持。

综上所述，本院认为：江城公司取得土地使用权以后，经政府有关部门同意将土地使用权转让给扬中支行，转让行为符合国有土地使用权出让、转让暂行规定和房地产管理法的规定，因此，双方签订的土地使用权转让合同有效。扬中支行应当支付尚欠的土地使用权转让款２４．４４万元。江城公司的该项诉讼请求应予支持，原审判决的第一项应当维持。