一审中，保经邦申请法院委托司法鉴定机构，对租赁机械厂期间，即1993年至2001年期间保经邦应当和实际缴纳、支付增值税和其他税费、养老保险费和其他社保费、住院费、医药费、电贴费及其它相关费用的情况进行鉴定。经原审法院委托，昆明正宇司法鉴定所于2007年6月25日作出昆正宇鉴字(2007)第12号司法鉴定报告(以下简称“12号鉴定报告”)，其主要鉴定结论为：

　　一、实缴增值税及其它税费1316882.93元，其中增值税1144565.9元，营业税1261.53元，城建税61579.5元，教育费附加37272.83元，印花税2274.51元，车船使用税200元，房产税45582.64元，土地使用税24101.24元，个人所得税44.78元;

　　二、社会保险费(养老保险费)超过1993年度养老保险统筹金核定数15%部分的数额为407802.26元，但1995年3月前的凭证中未反映职工个人缴纳的数额;

　　三、住院费及丧葬抚恤费、护理费合计158521.93元，其中医药费123205.31元(凭个人收条支付的金额42459.07元)，丧葬抚恤费31115.62元，护理费4201元;

　　四、其他，包括退休职工医疗、卫生费等6320元，常病人员工资8359.35元，房租4590元，电贴费10000元，发货单78699元。

　　经过双方当事人质证，并对鉴定人进行质询后，原审法院对租赁协议及其批复，移交协议，前案判决书，以及由税务、社保、医疗和电力部门开具的各类正式凭证、收据和发票等材料的证据效力予以确认，而对保经邦提交的医药费个人收条认为不具备真实性、合法性而不能作为证据;对于12号鉴定报告，保经邦认为有关增值税的部分在出口产品计税金额上存在重复计算导致法院认定其应承担的增值税数额不准确的问题;富民方面则认为鉴定结论不真实，但原审法院认为作出该鉴定报告的鉴定机构及鉴定人员资质符合法律规定，鉴定程序和依据合法，因此原审对该鉴定报告的证据效力予以确认。

　　原审法院经审理对本案争议问题分别作出如下认定：

　　首先是诉讼时效问题。原审认为本案与前案都是双方当事人由于租赁问题引发纠纷的一部分，而对这些纠纷，保经邦与富民县经贸局在2001年9月11日签订的移交协议中已明确约定了解决办法，即“待移交完毕，恢复生产后，双方本着协商和解的精神来解决，或通过司法途径解决。”2001年11月29日，双方再次签订协议确认工厂移交工作已经完成。

　　2003年11月27日，保经邦就新增固定资产和流动资产的相关问题向法院起诉，经审理法院认定双方对租赁期间产生的争议没有解决，其诉讼时效应从当事人起诉开始起算。对于本案原审法院同样认为，保经邦诉请所涉问题与前案性质相同，由于没有证据证明当事人在终止租赁关系后就本案争议问题进行过主张、协商或处理，诉讼时效应从当事人起诉时起算，因此本案没有超过诉讼时效。?

　　其次是相关税费问题。原审认为当事人在租赁协议中就税费所作约定，并不属于国家相关税收法律禁止的擅自减、免税行为，而是平等民事主体内部关于税费分担的约定，因此是的。至于保经邦是否比租赁协议的约定多负担了税费，原审认为税费包括增值税和其他税费，根据当事人在租赁协议中的约定，保经邦租赁机械厂期间，增值税按收入5%计征，但计征基数为4万元，若实际计征低于4万元，由保经邦出资补足4万元，若实际计征率高于5%，高出部分的数额，由县政府返还给保经邦，增值税按实际时序缴纳，其他税费已在租金中包干，保经邦不再缴纳。

　　据此约定理解，保经邦在租赁期间每年所应负担的增值税应按不超过销售收入5%的比例计算，但不得低于4万元，应纳税额不足4万元由保经邦补齐，纳税额超过约定比例5%的部分由富民方面返还保经邦，至于增值税以外的其他税费因为已经包含在租赁费中，保经邦不再负担。

　　根据司法鉴定，保经邦在租赁期间发生的销售收入，即增值税计税总金额为19548797.41元，按约定5%的最高承担比例计算，保经邦应承担的增值税为977439.87元，而保经邦实际缴纳增值税为1144565.9元，且每年缴纳额都超过4万元的基数，比约定共计多承担167126.03元，因此按照保经邦与富民方面的约定，保经邦多承担的这部分增值税，应当由富民方面返还保经邦;此外保经邦在租赁期间还缴纳营业税、城建税、教育费附加、印花税、车船使用税、房产税、土地使用税等7种其他税费共计172272.25元，根据当事人在租赁协议中的约定，这些税费已经在租赁费中包干，保经邦不再重复负担。

　　因此，原审认定增值税超过约定部分的税款和其他税费两项共计339398.28元，应当由富民县经贸局和富民县政府返还保经邦。

　　其三是社会保险问题。原审认为根据当事人在租赁协议中的约定，保经邦负担的退休统筹金实质上为职工退休养老保险金，负担比例为租赁第一年，即1993年按照约定数额核定的保险金基数，以及以后每年升幅在15%以内的金额，超过部分应由富民方面负担。

　　而根据鉴定报告，保经邦自1993年到2000年实际缴纳的养老保险金额为641408.66元，缴纳增幅每年都超过15%，总计比约定负担金额多缴纳407802.26元，因此原审认定依照协议约定，富民县经贸局和富民县政府应当向保经邦返还其多负担的养老保险金407802.26元;至于保经邦主张的失业保险费、生育保险费、工伤保险费、意外伤害保险费、农村合同制工公益金、农村合同制工管理费等其他保险及费用，虽然有凭证反映确实发生，但是当事人对此并无约定，因此这部分请求没有依据，不予支持。

　　其四是医疗费问题。原审认为根据当事人在租赁协议中的约定，保经邦应承担的是每人每年2000元以内的住院医疗费，超出部分由保经邦和富民方面各负担50%。而保经邦提供的相关正式凭证反映共有9人13次，支付医疗费等费用80746.24元，按每人每年2000元计，超过2000元的部分共计54746.31元，此应由保经邦和富民方面各负担50%，因此保经邦多支付的27373.15元应由富民县经贸局和富民县政府向其返还;至于保经邦主张的其他医药费，抚恤费、护理费等其他相关费用，由于保经邦只能提供个人收条、领条而不能提供正式医疗凭证证明其实际金额，因此对这部分请求原审不予支持。