1928年12月1日，国民政府在行政院军政部之下设立海军署，任命陈绍宽（1889-1969年）为署长。海军署下置总务处与军衡、军务、舰械、教育、海政五司，实际共有官佐32人，士兵15人。1929年4月，国民政府明令将海军署扩充为海军部，6月1日，海军部正式成立，杨树庄任海军部部长兼福建省主席，陈绍宽任政务次长（1 932年1月升任海军部部长）。海军部下置总务厅与军衡、军务、舰政、军学、军械、海政六司，实际共有官佐187人，兵役129人。设立海军署之初，即已择定海军鱼雷枪炮学校旧址为办公之所，因年久失修，所以稍加修缮。海军部成立之后，人员增多，原有房屋不敷应用，于是又增建房屋，添置设备。据时任海军部政务次长陈绍宽于1930年11月在《海军期刊》第二卷上发表的《一年来海军工作之实记及训政时期之计划》一文记载，海军部的机构分布情况大致如下：

    大门临中山北路，大门以内，第一进左为传达室、电话室，右为招待室、勤务士兵房；

    第二进左为会客厅，右为副官办公室；

    第三进为政务次长办公室、卧室、餐厅、浴室、会客室、译电室、勤务兵房；

    第四、五两进为部员会食厅（会客用餐之处），东西两边房舍编为东西宿舍各三十号；出东宿舍为常务次长办公室、卧室、宴会厅、会客室、阅报室及党义讲堂，部员士兵诊病室、各厅司长寝室亦在这里；

    再前为楼房两座，楼上为部长办公室、浴室、会客室、机要室及参事寝室，楼下为会客厅、会议厅、参事办公室、浴室；部长楼之西为总办公厅、总务厅和秘书办公室，再西为西式平房六所，海军部六司各用一所；

    部长楼之后为操场；操场西北隅有楼房两座，为经理处及无线电台；东北角为器具材料存储库。

    1937年11月，海军部机关从南京西迁武汉，原址被汪伪国民政府海军部占用。汪精卫曾一度兼任海军部长。1938年1月，西迁后的国民政府撤消海军部，改设海军总司令部，陈绍宽任总司令。1939年1月，海军总司令部迁往重庆。

    1945年12月，国民政府撤消海军总司令部，在军政部之下设立海军处，由陈诚任处长。1946年6月，国民政府国防部成立后，海、陆、空、联勤四个军种总司令部同时成立，时任参谋总长的陈诚兼任海军总司令。同年9月，桂永清代理总司令一职，1948年8月被正式任命为海军总司令。

    1949年8月，这里成为华东军区海军学校；1950年12月，扩建为海军联合学校。1970年以后，这里成为中国船舶工业总公司舰船研究院南京船舶雷达研究所所在地。

    海军总司令部占地面积六千多平方米，建筑面积19155平方米，共有房屋72幢461间。大门造型独特，颇引人注目。大门坐北朝南，为砖混结构的牌楼形式，建于19世纪末，平面呈圆弧形，圆弧状的立面均匀分布着10根装饰门柱。在牌楼正中顶部设有斜向两侧的层层退台，共有五层，其上装饰有具有动感的曲线旋涡花纹，这在西方建筑史上称作"巴洛克风格"。牌楼正中辟有一个拱形门，门上刻有“海军部”三字。

    1982年，国民政府海军总司令部所在的江南水师学堂旧址被列为江苏省文物保护单位。

联勤总司令部

    国民政府军政部成立于1928年11月，直隶行政院。成立之初，该部掌理全国陆海空军行政事务，内设总务厅、陆军署、海军署、航空署、军需署、兵工署等机构。1929年7月，海军署改组为海军部，并直接隶属行政院；1933年航空署改隶军事委员会。至此，军政部实际只负责陆军行政事务。1935年，军政部内设机构调整为总务、军务、交通、军法四司，军需、兵工二署及会计长办公处。1937年7月，抗战爆发后，军政部名义上隶属于行政院，实际上受军事委员会直接指挥。南京沦陷期间，军政部一度成为侵华日军的驻地。1946年6月，国民政府军事机构改组，军政部被裁撤。同年9月，国防部下辖的联合勤务总司令部成立，部址就设在军政部旧址。

    军政部办公地址在南京三牌楼，即今天的中山北路212号，现仅存西式的大门门楼。

    联勤总司令部

    联勤总司令部全称为联合后方勤务总司令部，位于鼓楼区中山北路212号，现为军事单位住房。

    1946年，国民政府根据美国顾问的建议，对军事机构进行改组，5月31日，将原后勤总部及军政部所辖的军需署、兵工署、军医署等三个单位合并改组，成立联合后方勤务总司令部，以统一办理陆海空军共同性补给及其他勤务。联勤总部受参谋总长直接指挥，设总司令一人、副总司令二人，参谋长一人、副参谋长二人，下辖一室八署十三处和一个宪兵司令部。一室为总司令办公室；八署为运输署、通信署、经理署、财务署、兵工署、工程署、军医署、特种勤务署；十三个处为人事处、情报处、勤务处、补给处、训练处、研究发展处、总务处、监察处、军法处、政工处、预算处、副官处、抚恤处。

    1948年8月，联勤总部撤消，所属机构归国防部直辖。第一任总司令黄镇球，第二任总司令郭忏。

    中山北路212号在抗战前是国民政府军政部所在地。这里建有钢筋混凝土结构的西式二层楼房6栋182间，西式平房39座123间，厕所7间，厨房11间，洗衣台三座，油库一座，缭望台一座5间，合计328间。如今，这些建筑物都已被拆除，代之而起的是现代化多层建筑，惟有当年的门楼旧貌依然。门楼为西式风格，三开间中间高两侧低，中间为一个拱券门，高8米，宽3.5米，进深4米；两侧各辟有一个长方形边门。整个门楼布局对称美观，现为鼓楼区文物保护单位。

首都高等法院

    首都高等法院是民国时期江苏的省级审判机构，院址在朝天宫，现为南京市博物馆。